Hola mm. Sin ser un verdadero experto si me voy a centrar en temás técnicos. Linux va detrás de windows en algunas cosas y por delante en otras. Linux tuvo mucho antes windows soporte para redes (lo que incluye conectarse a internet), multiproceso, soporte para varios procesadores, y soporte para sistemas numa (no sé si lo tiene ya el windows 2003 o todavía no).
Centrándonos en el escritorio, donde sí que windows ha ido normalmente por delante, también se ha adelantado a windows en los escritorios en tres dimensiones y transparencias por ejemplo.
Algunas distribuciones de linux, ubuntu por ejemplo, sigue por delante en la facilidad para instalar la mayoría del software necesario, la facilidad para instalar servidores o la adaptación para máquinas especiales (pocos recursos, controladas remotamente, cortafuegos, granjas de renderizado, ...).
Con linux se hacen negocios (
http://www.madrimasd.org/informacionidi/noticias/noticia.asp?id=29597&origen=notiweb) y no necesita a nadie para existir, aunque la variedad hace que todos mejoremos y no hay un binomio sino muchísimas posibilidades (mac, solaris, xxx BSD, ...)
PD: Vivo sobre todo de linux y el que windows haya sido el estándar de "facto" ha frenado algunos avances tecnológicos.