Genoma

La domesticación de Penicillium: lectura del genoma del moho productor de penicilina

Miguel Vicente — Sat, 04 Oct 2008 17:04:00 GMT

autor: Miguel Vicente

Alexander Fleming decía que descubrir la penicilina, hace ahora 80 años, no ocurrió porque el moho que la produce le gritase que sintetizaba este antibiótico. Si el moho pudiera hablar probablemente nos diría que tampoco su objetivo en la vida es producir penicilina, pero para nosotros el Penicillium, además de estropear frutas y pan, sirve exactamente para eso. Esta semana se ha publicado en internet la secuencia de su genoma y la comparación de la actividad de sus genes en dos estirpes, siendo una de ellas productora de penicilina en cantidad mucho mayor de lo normal. Podríamos decir que el trabajo cuenta cómo se ha domesticado a un moho.

“El Tercer Hombre”, una historia de tráfico de penicilina. El precio de una dosis de penicilina, que en 2004 se vendía a 0,75 €, en los años cincuenta del pasado siglo era, en valor relativo, de 290 €. La película “El Tercer Hombre” contiene en su trama policíaca crímenes que giran alrededor del entonces lucrativo negocio de “cortar” la penicilina inyectable con agua.

Jaque a la dama: Rosalind Franklin en King’s College

Miguel Vicente — Mon, 11 Aug 2008 15:55:00 GMT

autor: Miguel Vicente

La biografía de Rosalind Franklin atrae algún que otro comentario, no se si porque su figura despierta reacciones controvertidas, o porque son los otros tres protagonistas de la historia de la doble hélice quienes las provocan.
Puede que Rosalind Franklin no fuese la persona más llevadera del mundo, pero hay motivos para pensar que las equivocaciones y los aciertos posiblemente debieran repartirse con menos parcialidad. Su estancia postdoctoral en París, a una edad en la que fácilmente se pudo sentir atraída por unas ideas más liberales que las que prevalecían en la clase media británica de posguerra, puede que no la hiciesen especialmente atractiva al estamento investigador del King´s, que en general la consideraban afrancesada.

Rosalind Franklin en una excursión por la Toscana en 1950. Durante los años de postdoctoral en París adquirió un buen conocimiento del idioma y de la cocina francesa. Foto por Vittorio Luzzati.

La dama ausente: Rosalind Franklin y la doble hélice*

Miguel Vicente — Sun, 10 Aug 2008 15:56:00 GMT

autor: Miguel Vicente

* Artículo dedicado a Erinia y Romina, mis hijas.

“La ciencia y la vida ni pueden ni deben estar separadas. Para mí la ciencia da una explicación parcial de la vida. Tal como es se basa en los hechos, la experiencia y los experimentos… Estoy de acuerdo en que la fe es fundamental para tener éxito en la vida, pero no acepto tu definición de fe, la creencia de que hay vida tras la muerte. En mi opinión, lo único que necesita la fe es el convencimiento de que esforzándonos en hacer lo mejor que podemos nos acercaremos al éxito, y que el éxito de nuestros propósitos, la mejora de la humanidad de hoy y del futuro, merece la pena de conseguirse”. Así se expresaba Rosalind Franklin hacia 1940, cuando tenía veinte años, en una carta dirigida a su padre con quien, como buena e inteligente hija, discrepaba en varias cuestiones. Rosalind es la científica con cuyos datos Watson y Crick formularon en 1953 el modelo de doble hélice que describe la estructura del ADN, uno de los hitos de la Biología del siglo XX. ¿Por qué son ellos los únicos "famosos"?

Rosalind Franklin con su hermana Jenifer. Tomada alrededor de 1930. Dora Head. The Rosalind Franklin Papers .

¿Por dónde pasa el eje del mal? ¿Seguirá sin aclararse el caso de los ataques de ántrax de 2001?

Miguel Vicente — Sat, 02 Aug 2008 15:47:00 GMT

autor: Miguel Vicente

Acaba de fallecer, al parecer por suicidio, un científico norteamericano a quien se iba a acusar de participar en los ataques de terrorismo biológico que sucedieron a los ataques a las torres gemelas de Nueva York en el otoño de 2001. No parece que esto vaya a ayudar mucho a esclarecer los hechos, pero las primeras interpretaciones que culpaban a terroristas del “eje del mal” se debilitan más.

Fort Detrick. Logo de las instalaciones norteamericanas de alta seguridad de Fort Detrick en Maryland. Si todo se confirmase el “eje del mal del ántrax” podría haber estado alojado en ellas.

La chatarra evoluciona

Miguel Vicente — Sat, 28 Jun 2008 19:37:00 GMT

autor: Miguel Vicente

En la última década los avances en la secuenciación de un número considerable de genomas completos de bacterias y otros microorganismos como la levadura, complementados por su análisis funcional mediante la técnica de matrices de genes (microarrays) nos han cambiado la percepción de la variabilidad en el microcosmos. Pensábamos antes que la biodiversidad se generaba por el juego de la selección sobre las mutaciones de los genes estructurales, los que en su mayoría contienen información para producir proteínas. Pero los resultados actuales reclaman, cada vez más, un papel protagonista para las regiones no codificantes, las tradicionalmente conocidas como “ADN chatarra”.

Estromatolitos actuales. Los estromatolitos son uno de los pocos registros fósiles que dejaron las bacterias. Sabemos que fueron producidos por ellas porque en la actualidad se siguen formando en los mares donde las condiciones son propicias. Esta imagen muestra estromatolitos actuales en Australia (Shark Bay).

La carrera del genoma: desde el fago Qbeta al genoma de Watson en menos de 40 años

Miguel Vicente — Sat, 03 May 2008 19:13:00 GMT

autor: Miguel Vicente

Pronto será posible llevar la secuencia individual de nuestro genoma en el documento de identidad. Todavía sirve para poco, pero es un primer paso que abrirá las puertas para la medicina individualizada. La técnica se ha usado para secuenciar el genoma de James Watson, codescubridor de la doble hélice, y de un aislado clínico de Francisella tularensis una bacteria patógena del supuesto arsenal bioterrorista.

James Watson básico. Un retrato publicado en el número de Nature en el que se ha publicado la secuenciación del genoma del codescubridor de la la doble hélice.

Los científicos ya han sintetizado un genoma, y ahora ¿qué pasa?

Miguel Vicente — Sat, 26 Jan 2008 09:01:00 GMT

autor: Miguel Vicente

La versión en inglés de este artículo se ha publicado en Small things considered "The Microbe Blog"

Dice la noticia que se ha sintetizado el genoma de Mycoplasma genitalium, la bacteria cuyo genoma es el más pequeño de todas las conocidas. El equipo de Craig Venter vuelve a dar titulares. El revuelo que se ha producido recuerda una situación parecida de hace casi once años, el día en que se anunció la existencia de Dolly, la primera oveja clónica. Son resultados que provocan reacciones de todo tipo, científicas, sociales, éticas, sobre todo una vez que han entrado en la cadena de los medios de opinión.

Fragmento del panel central de "El Jardín de las Delicias" de El Bosco. Museo del Prado. Madrid

REFERENCIA
Daniel G. Gibson, Gwynedd A. Benders, Cynthia Andrews-Pfannkoch, Evgeniya A. Denisova, Holly Baden-Tillson, Jayshree Zaveri, Timothy B. Stockwell, Anushka Brownley, David W. Thomas, Mikkel A. Algire, Chuck Merryman, Lei Young, Vladimir N. Noskov, John I. Glass, J. Craig Venter, Clyde A. Hutchison III, Hamilton O. Smith. 2008. Complete chemical synthesis, assembly, and cloning of a Mycoplasma genitalium genome. Science. DOI: 10.1126/science.1151721 .

El lector de “la doble hélice”

Miguel Vicente — Wed, 09 Jan 2008 14:59:00 GMT

autor: Miguel Vicente

Watson escribió la doble hélice, ahora Venter nos cuenta cómo la leyó

10 empollones que están de moda

Miguel Vicente — Tue, 11 Dec 2007 17:00:00 GMT

autor: Miguel Vicente

En su número del 15 de octubre de 2007, la revista Newsweek en su edición internacional entrevista a diez biólogos a los que califica como los 10 biólogos más importantes del siglo 21. Pese a que España sea la 8ª nación en cuanto a sus parámetros económicos, ninguno de ellos trabaja en España ni es español, un detalle que debiera servirnos para templar las frecuentes proclamaciones tanto colectivas como individuales de excelencia científica. Y también para diluir con algo de escepticismo la estética triunfalista de muchas declaraciones de responsables científicos y políticos. La ciencia de nuestro país es la que es, y mientras no se aborde de forma global y contemporánea tardará mucho en superar las carencias y sinsentidos de unas reglas que la administración lo mismo aplica a un roto que a un descosido.

Deja de ser ficción: el transplante de genoma convierte una especie en otra

Miguel Vicente — Tue, 11 Dec 2007 10:34:00 GMT

autor: Miguel Vicente

Un grupo de científicos liderado por el norteamericano J. Craig Venter ha logrado que una bacteria se convierta en otra de una especie diferente. Para ello han transplantado el genoma completo de un Mycoplasma, una bacteria que infecta las células del ganado vacuno provocando un tipo de neumonía, al interior de otra especie que infecta con preferencia a las cabras en las que causa artritis.

REFERENCIA
Carole Lartigue, John I. Glass, Nina Alperovich, Rembert Pieper, Prashanth P. Parmar, Clyde A. Hutchison III, Hamilton O. Smith, J. Craig Venter. (2007) Genome Transplantation in Bacteria: Changing One Species to Another. Science 317: 632 -638.

Ver un comentario sobre el trabajo posterior de Venter:
Los científicos ya han sintetizado un genoma, y ahora ¿qué pasa?
(26 de enero de 2008)