Hola Emilio,
las resistencias aparecer no "aparecen", se seleccionan, o sea, llega el antibiótico y se carga cuanto bicho hay, menos a lo que es resistente. Si a lo que se refiere la pregunta es a cómo surgieron por vez primera en el universo de los vivos, pues puede aventurarse que debieron hacerlo a la par que la capacidad de producir el antibiótico, de otra forma el productor se hubiera muerto. En un trabajo de hace ya años el grupo de Julian Davies mostraba por técnicas de amplificación de PCR, que muestras de antibióticos comerciales contienen ADN que corresponde a genes de resistencia a cada antibiótico.
El diferente punto de vista que puedo ofrecer es que no existe, por el momento y que yo conozca, pruebas de que haya mutaciones específicas que se induzcan como respuesta asimismo específica a una determinada condición ambiental, ya tuviste una larga discusión con Manuel Sánchez al respecto. Su argumentación, a la que remito al lector, era un buen reflejo de lo que la genética bacteriana ha podido indagar.
http://weblogs.madrimasd.org/microbiologia/archive/2008/06/28/95704.aspx
Lo que ocurre es que el término "adaptativo" parece que lo usamos con significados diferentes. La resistencia a un antibiótico efectivamente "adapta" a la bacteria resistente a vivir en presencia del mismo, pero el antibiótico no es en principio, y salvo lo que enseguida comento, lo que se llamaría un agente mutagénico. Sin embargo sí que se sabe que algún que otro antibiótico dispara mecanismos de defensa que modifican el metabolismo de ADN, lo mismo que puede hacer la luz ultravioleta, y en ese caso los mecanismos de reparación de los daños provocados son más propensos al error, es decir que contribuyen a aumentar la frecuencia de mutación. Asimismo se puede aumentar la frecuencia de salto de secuencias de inserción y transposones, que son asimismo sucesos que pueden aumentar la frecuencia de mutación.
Añadiré que a la vez que la resistencia "adapta" a la bacteria a vivir ignorando el antibiotico, la "desadapta" a vivir sin él (las resistencias tienen lo que se llama un "coste adaptativo", por lo que quitado el antibiótico se tenderán a seleccionar individuos que hayan revertido, perdido o compensado la mutación.
Las bacterias usan quizás una lógica diferente a la humana, no les importa morirse muchas porque por su elevado número siempre acaba quedando alguna y además se dedican a producir cuanta mutación les apetece, mutación que suele acabar con la posibilidad de que su portadora perviva, salvo si vienen mal dadas y resulta que por pura chimba eso le resulta ventajoso sobre las otras. Claro está que hay mutaciones que son letales, y a esas no las salva ni San Lamarck ni San Darwin. Pero les da igual porque como ya digo son muchas y lo ensayan todo.
La anécdota de los peces (vaya el lector al foro correspondiente, con paciencia porque está muy al final de una muy larga discusion
http://weblogs.madrimasd.org/biologia_pensamiento/archive/2008/07/14/96808.aspx), que no me atrevo a calificar de experimento, carece, tal como se cuenta, de controles, creo, y me explico. Al menos hubiera sido necesario obtener puestas y desarrollar a los alevines en aguas no contaminadas. Tras varias generaciones volverlos al agua contaminada y si no la palmaban todos contar la frecuencia y compararla con la frecuencia de una población no expuesta nunca. De la comparación de ambas se podría calcular si el paso por el agua contaminada había seleccionado individuos con mutaciones favorables a la supervivencia en los contaminantes. Y si así era habría que estudiar los efectos de los contaminantes sobre el genoma del bicho, porque probablemente se produjese daño cromosómico que se reparase asimismo por sistemas propensos a error como en las bacterias. No se si el experimento está hecho y tampoco yo me conozco el funcionamiento de los vertebrados tan bien como para asegurar lo que uno esperaría que resultase tratándose de peces, que además de eucariotas son ellos muy diploides.
Bueno pues seguro que podéis seguir discutiendo, yo no quiero alargar la respuesta más, ya son las tantas.
Un saludo
Miguel Vicente