Hoy se ha inaugurado oficialmente el
proyecto Ibercivis, un novedoso proyecto de “Computación Voluntaria”. El
proyecto consiste en que los ciudadanos interesados en el desarrollo de
proyectos de investigación que demandan un elevado coste computacional, pueden
ceder el uso de sus ordenadores cuando éstos se encuentren desocupados. De esta
manera, trabajando cooperativamente, se pueden llevar a cabo tareas de gran
complejidad.
Ibercivis pretende dotar de
potencia de cálculo a los investigadores a través del uso de los ordenadores de
los ciudadanos. Tiene un funcionamiento relativamente sencillo, es parecido al
clásico salva pantallas que permanece inactivo cuando el ordenador se está
usando y se activa cuando detecta que no se están realizando tareas de
importancia.
El proceso de participación es
simple: el ciudadano presta su ordenador y éste se conecta a un servidor y donde
elige un determinado proyecto científico. A partir de aquí, cuando su CPU
detecte que puede colaborar, pedirá trabajo al servidor quien le mandará una de
las tareas y esperará a que le devuelva el resultado.
El proyecto cuenta con tres importantes
proyectos científicos: "Docking", (búsqueda de nuevos fármacos
mediante el cálculo de interacciones proteína-ligando y el cribado virtual de
quimiotecas), "Fusión" (para la creación de plasmas que simulen
algunos de los fenómenos producidos en las estrellas) y "Materiales"
(para la simulación de vidrios que pudieran llegar a convertirse en la próxima
generación de discos duros).
Uno de estos proyectos, “Docking”
está basado en la plataforma desarrollada en la Unidad de Bioninformática
del Centro de Biología Molecular “Severo Ochoa”, miembros del proyecto BIPEDD
de la Comunidad
de Madrid.
El objetivo fundamental de
“Docking” es encontrar nuevas moléculas que puedan convertirse en fármacos
eficaces en la lucha contra el cáncer. Para ello se trabaja en el desarrollo de
algoritmos cuya finalidad consiste en predecir cómo estas moléculas se unen a
sus receptores biológicos y así poder, de alguna manera, modular el
comportamiento de éste, por ejemplo, inhibiendo el ciclo reproductivo del ADN
dañado, frenando por tanto la proliferación de las células cancerígenas.
La búsqueda de estas moléculas se
realiza en grandes bases de datos que llegan a contener millones de ellas. Además,
cada una de estas moléculas tiene una complejidad estructural inherente que se
traduce en multitud de disposiciones tridimensionales distintas que es necesario
tener en cuenta y probar. Esto hace que el número total de estructuras a
evaluar sea virtualmente infinito.
Para poder realizar este tipo de
experimentos es necesario disponer de gran cantidad de potentes ordenadores. Es
aquí donde proyectos como Ibercivis adquieren una relevancia especial, ya que va
a permitir seleccionar, es decir, cribar virtualmente (que es como se conoce a
la técnica) millones de moléculas en tiempo record. Esto supone una aceleración
muy importante en el proceso de diseño de nuevas moléculas, muy largo y costoso
en la actualidad.
Este tipo de proyectos de
computación voluntaria cumplen una doble misión. Por una parte representan una
ayuda inestimable en cuanto a la cantidad de cálculos que podemos realizar. Por
otra, los voluntarios entran en contacto directo con la investigación
científica que se está realizando en su propio ordenador, adquiriendo nuevos
conocimientos y mayor concienciación del problema a resolver.
Algunos proyectos similares que
ya han obtenido resultados prometedores son el salva pantallas de la
Universidad de Oxford dedicado al cáncer y WISDOM a la malaria. En el primer
caso, y después de un año, se llegaron a usar alrededor de 1.5 millones de
ordenadores en más de 200 países. Con Ibercivis esperamos obtener resultados
competitivos.
Aunque a una escala sensiblemente
menor en la Unidad
de Bioinformática del CBMSO ya hemos empezado a obtener resultados importantes
en un par de proyectos relacionados con el cáncer. En concreto hemos patentado
varias moléculas con resultados experimentales positivos.
Para comenzar a colaborar con la
ciencia sólo es necesario descargar el programa cliente de BOINC. Una vez
descargado e instalado, este programa tiene un comportamiento parecido a un
"salvapantallas" y permanece inactivo hasta que detecta que no se
están realizando tareas de importancia.