Misceláneo

MolecularMovies.org: un portal con animaciones de dinámica celular y molecular

José María Fernández González — Fri, 04 Jul 2008 10:21:00 GMT

En más de una ocasión lector@s de este blog me han solicitado enlaces a videos educativos o divulgativos relacionados con bioinformática y biología molecular. Sobre ésta última hay muchísimo material disponible (cada día más), y ejemplo de ello es el sitio MolecularMovies.org, que contiene tanto animaciones educativas como demostrativas. Estas animaciones pertenecen a diversos campos como síntesis orgánica, apoptosis, mototes moleculares (que suelen ser muy curiosos), etc... y son directamente descargables al ordenador (se encuentran codificadas en formato Quicktime, así que necesitareis el plugin de Apple o alguno compatible como mplayerplug-in, totem o VLC). Los videos se encuentran originalmente alojados en la página web de sus creadores, y suelen incluir una descripción de lo que se muestra con ellos, y a veces también enlaces a material adicional.

Como muestra os enseño uno de esos videos, en este caso sobre apoptosis:

Gracias a Gloria Fuentes he encontrado este sitio. Aquí teneis el enlace:

MolecularMovies.org.

Portabilidad entre el antiguo y nuevo formato de PDB

José María Fernández González — Thu, 03 Jul 2008 11:26:00 GMT

Hace unos meses escribí en una entrada de este blog sobre la transición que en ese momento se produjo del antiguo formato de PDB al nuevo, con las ventajas y los consiguientes problemas que ello iba a acarrear. Ayer Guillermo Montoya me contó que justo tenía problemas para abrir PDBs en el formato nuevo con el programa Curves (no sé la versión que está usando), y que sirve para calcular una serie de parámetros sobre un DNA irregular (que no sigue de forma exacta la distribución helicoidal) comparado con su disposición ideal. Ayer lo solucionamos usando ficheros del antiguo PDB (que obviamente estaban en formato antiguo), pero no es la mejor solución porque sólo vale para entradas que ya estaban del antiguo PDB.

Hoy Gloria Fuentes nos ha contado a Guillermo y a mí que hay un programa que permite convertir los PDBs en formato antiguo al nuevo formato, y viceversa. El programa se llama Remediator, está hecho el laboratorio de los Richardson en la Universidad de Duke, y está disponible tanto en Perl como en Python. La principal diferencia entre las dos variantes de Remediator es el uso embebido o externo del Chemical Component Library, usado para aplicar las traducciones necesarias.

Espero que os sirva de ayuda.

Si hacen lo mismo, ¿por qué hay tantos?

José María Fernández González — Tue, 01 Jul 2008 10:33:00 GMT

Hace unos días, dejó Catalina en una hebra no relacionada la siguiente pregunta:

Como sabemos, existen diferentes programas para la visualizacion molecular tales como el RASMOL y el VMD. Me gustaría saber en qué se diferencian, ya que por lo que he leido son muy parecidos.

A nivel básico ambos programas se parecen, pero justo ahí divergen. Rasmol es una herramineta básica que apenas se mantiene hoy en día, pero que ha dejado su huella en el mundo de la bioinformática por haber estado en todas las plataformas, y por su sistema de scripts, que permite marcar/decorar secciones de las estructuras que estamos viendo, basándonos en sus propiedades. VMD es una herramienta principalmente usada en el área de dinámica molecular, que sigue estando muy mantenida (es capaz de aprovechar todos los procesadores/cores del sistema, e incluso la tarjeta gráfica). Además de soportar muchos más formatos de fichero que Rasmol (más de 60, por lo que he leído en su web), permite traducir entre ellos, viene con herramientas accesorias integradas (como un visor de alineamientos múltiples, por ejemplo) y que es capaz de interactuar con otras herramientas (como NAMD, a la hora de lanzar simulaciones he ir viendo resultados intermedios).

Widgets, widgets ¡más widgets!

José María Fernández González — Mon, 09 Jun 2008 17:09:00 GMT

Recordando la frase de "Johnny 5" en la vieja película "Cortocirtuito 2" 'Datos, Datos, ¡Más Datos!' he creado el título de esta entrada. Los widgets son pequeños trozos de código que proporcionan funcionalidades sencillas, pero necesarias (calculadoras, información meteorológica, vuelos disponibles, etc...), integradas en algún tipo de entorno (escritorios, teléfonos móviles, navegadores, etc...). Por ejemplo ya hay un intento de estandarización de los widgets por parte de la W3C, Google tiene su propio sistema de gadgets para su iGoogle, Yahoo! provee su propio sistema de widgets (con programas para poder lanzarlos en diversas plataformas), el navegador Opera lleva bastante tiempo con esa tecnología, sistemas como Mac OS X (dashboard), Windows Vista (gadgets) o KDE4 (Plasma) los integran en el escritorio, y sistemas como Konfabulator o Superkaramba los popularizaron.

Uno de los primeros mensajes que subí a este blog fue el de ProteinGlimpse un widget hecho por un antiguo alumno, y ahora compañero de trabajo y amigo, Jaime Fernández. Pues bien, este widget como tal ha llegado a la versión 1.5, y pronto será usable en Linux gracias a las mejoras de KDE 4.1. Tanto él como yo y vari@s de mis compañer@s estamos involucrados en el desarrollo del sistema CARGO (enlace a la publicación), que intenta desarrollar el concepto de widget en el ámbito bioinformático.

Manuales sobre conceptos y programas bioinformáticos, con licencia CC

José María Fernández González — Sun, 08 Jun 2008 11:13:00 GMT

¿Cuántas veces os habeis encontrado con que quereis aprender sobre alguna nueva herramienta que todo el mundo usa, pero que no dominais en absoluto? ¿O tal vez se os resbala un poco una técnica o concepto? Gracias a David G. Pisano (que lo ha encontrado), aquí teneis el enlace al sitio de CLC bio dedicado a Bioinformática. En este sitio podeis encontrar bastantes documentos en PDF escritos en inglés sobre temas como las bases de datos biológicas, comparativas de Blast contra Smith & Waterman, predicción de la estructura de RNA, detección de sitios de restricción, etc... Toda esta documentación está licenciada bajo Creative Commons - NonCommercial - NonDerivs 2.5, de forma que todo el contenido lo podeis copiar, distribuir y usar de forma libre siempre que sea para uso educativo, y se mencione al propietario (en este caso, CLC Bio).

La lástima es que esta licencia no permita traducir los contenidos a otros idiomas, porque sería un material muy útil para la comunidad hispanoparlante que no domina el inglés.

Cuando dependes de un programa antiguo (III): ¿y si el compilador no se entera, y te pone zancadillas?

José María Fernández González — Tue, 03 Jun 2008 17:19:00 GMT

Como podeis leer en un post anterior sobre cómo hacer funcionar Phrap, me encontré con el caso curioso de que, en una misma máquina de arquitectura IA64, los programas de Phrap compilados con GCC fallaban con Segmentation Fault, mientras que esos mismos programas compilados con el compilador de pago Intel funcionaban. Pues bien, tras estar investigando cómo hacer funcionar Phrap de forma nativa en las arquitecturas de 64 bits (x86-64 e IA64) compilándolo con GCC, me encontré con el meollo del problema: un fallo muy específico al hacer una conversión de tipos en el generador de código ensamblador del GCC.

Los programas más antiguos en C usados en bioinformática están escritos en el dialecto C de Kerningan & Ritchie, que es muy limitado en cuanto a lo que se podía hacer: las funciones devolvían a lo sumo un entero, no soportaba declaración de propotipos de función (con lo cuál no había validación de parámetros), los includes, ni macros (no había preprocesador) ... El código fuente de Phrap está escrito así, pero se nota que ha sido retocado ligeramente a posteriori, porque tiene algunos includes.

Cuando dependes de un programa antiguo (II): Phrap

José María Fernández González — Fri, 30 May 2008 15:51:00 GMT

Phrap es uno de esos programas bioinformáticos muuuuy usado a la hora de ensamblar todos los contigs _{(¡que no hay que confundir con los EST contigs!)} obtenidos de secuenciadores que usan técnicas similares a la de shotgun. Este programa es gratuito para uso académico (previa solicitud a los autores), y está disponible tanto en código fuente como en módulos precompilados. El problema al instalar Phrap viene de que fue diseñado y escrito en entornos de 32 bits, con compiladores de 32 bits, en lenguaje C de Kerningan & Ritchie, y no compila muy bien que digamos en entornos de 64 bits con los compiladores actuales. El otro inconveniente es que no incluye un conjunto de datos de prueba, para ver si realmente funciona o falla.

Cuando dependes de un programa antiguo

José María Fernández González — Wed, 21 May 2008 15:54:00 GMT

Si trabajas en bioinformática, la mayor parte del tiempo estás dependiendo de programas que no has hecho para tu trabajo cotidiano. En ocasiones (más de lo habitual) es necesario usar programas que son antiguos o muy antiguos, y que no consigues que funcionen en los primeros intentos. Eso es lo que nos ha estado pasando hoy en el laboratorio, intentado hacer funcionar los programas del paquete Tops.

El programa Tops sirve para estudiar la topología de las proteínas, representándolas de forma esquemática. El primer artículo que menciona este paquete data de 1998, y sus autor@s originales ya hace tiempo que dejaron de mantener los programas. Esto es muy común en un mundo muy dinámico como el de la investigación científica, en el que las instrucciones o el código fuente de los programas más antiguos termina por perderse (si es que alguna vez se hizo público), y en el que los servicios bioinformáticos disponibles por web (tengan o no tengan éxito) terminan por dejar de funcionar. Esto ocurre por diversas causas, como no querer seguir manteniendo el software, no conseguir recursos para mantenerlo, se pierde tras una catástrofe como un incendio o una inundación, etc...

En esta ocasión tuvimos suerte, lo conseguimos hacer funcionar, pero ¿y la siguiente?

Workshop en Barcelona "Getting the most from biomolecular simulations: a practical workshop"

José María Fernández González — Thu, 15 May 2008 09:23:00 GMT

Siguen llegando mensajes sobre reuniones, conferencias y cursos de verano, y como siempre hay que plantearse ahora la decisión de asistir a dos meses vista, por el tema de las fechas límite de inscripción. En este caso le llegó a mi compañero de trabajo David G. Pisano, y se trata de una variante de las Barcelona Biomed Conferences, en formato de workshop, titulado Getting the most from biomolecular simulations: a practical workshop. Se va a celebrar en Barcelona, del 10 al 11 de Julio de 2008, va a seguir una pauta mixta de charlas + sesiones prácticas, y va a estar enfocado en la exploración del estado del arte en el campo de las simulaciones biomoleculares (algoritmos, corrección de errores acumulados, parámetros de simulación, etc...).

Para más información es conveniente consultar el programa científico del workshop. El 23 de Mayo es la fecha límite para poder preinscribirse en este workshop, y debido al número limitado de plazas disponibles (sólo 36), el 30 de Mayo se confirmará la inscripción a aquell@s de vosotr@s que os hayais preinscrito y seais admitid@s. Así que si estais interesad@s es aconsejable que os preinscribais ya. A continuación os incluyo el mensaje original, donde aparecen datos adicionales:

Curso de verano "BIOINFORMATICS AND FUNCTIONAL GENOMICS: from genes to functions and networks"

José María Fernández González — Fri, 09 May 2008 14:19:00 GMT

Ya falta menos para el verano (a pesar de las lluvias de los últimos días), y eso se nota en parte porque empiezan a llegar los anuncios de los distintos cursos de verano que va a haber. Uno de ellos es "BIOINFORMATICS AND FUNCTIONAL GENOMICS: from genes to functions and networks", que se celebrará en el Centro de Investigación del Cancer (CIC-IBMCC, CSIC/USAL) de Salamanca (entrada Wikipedia) los próximos días 18, 19 y 20 de Junio. Por lo que se puede leer en el programa del curso, su objetivo principal es ser un curso práctico (hay que llevar portátil) sobre herramientas y métodos bioinformáticos, enfocado en estudios de genómica funcional (p.ej. métodos y estrategias para realizar un análisis robusto a los datos de experimientos con microarrays).

El programa del curso está disponible online en formato PDF, y proporciona muchos más detalles de los que he mencionado. Para l@s que esteis interesad@s en asistir, la inscripción en el curso cuesta 280€ hasta el 31 de Mayo, y 325€ si se realiza a posteriori.