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Widgets, widgets ¡más widgets!

José María Fernández González — Mon, 09 Jun 2008 17:09:00 GMT

Recordando la frase de "Johnny 5" en la vieja película "Cortocirtuito 2" 'Datos, Datos, ¡Más Datos!' he creado el título de esta entrada. Los widgets son pequeños trozos de código que proporcionan funcionalidades sencillas, pero necesarias (calculadoras, información meteorológica, vuelos disponibles, etc...), integradas en algún tipo de entorno (escritorios, teléfonos móviles, navegadores, etc...). Por ejemplo ya hay un intento de estandarización de los widgets por parte de la W3C, Google tiene su propio sistema de gadgets para su iGoogle, Yahoo! provee su propio sistema de widgets (con programas para poder lanzarlos en diversas plataformas), el navegador Opera lleva bastante tiempo con esa tecnología, sistemas como Mac OS X (dashboard), Windows Vista (gadgets) o KDE4 (Plasma) los integran en el escritorio, y sistemas como Konfabulator o Superkaramba los popularizaron.

Uno de los primeros mensajes que subí a este blog fue el de ProteinGlimpse un widget hecho por un antiguo alumno, y ahora compañero de trabajo y amigo, Jaime Fernández. Pues bien, este widget como tal ha llegado a la versión 1.5, y pronto será usable en Linux gracias a las mejoras de KDE 4.1. Tanto él como yo y vari@s de mis compañer@s estamos involucrados en el desarrollo del sistema CARGO (enlace a la publicación), que intenta desarrollar el concepto de widget en el ámbito bioinformático.

Manuales sobre conceptos y programas bioinformáticos, con licencia CC

José María Fernández González — Sun, 08 Jun 2008 11:13:00 GMT

¿Cuántas veces os habeis encontrado con que quereis aprender sobre alguna nueva herramienta que todo el mundo usa, pero que no dominais en absoluto? ¿O tal vez se os resbala un poco una técnica o concepto? Gracias a David G. Pisano (que lo ha encontrado), aquí teneis el enlace al sitio de CLC bio dedicado a Bioinformática. En este sitio podeis encontrar bastantes documentos en PDF escritos en inglés sobre temas como las bases de datos biológicas, comparativas de Blast contra Smith & Waterman, predicción de la estructura de RNA, detección de sitios de restricción, etc... Toda esta documentación está licenciada bajo Creative Commons - NonCommercial - NonDerivs 2.5, de forma que todo el contenido lo podeis copiar, distribuir y usar de forma libre siempre que sea para uso educativo, y se mencione al propietario (en este caso, CLC Bio).

La lástima es que esta licencia no permita traducir los contenidos a otros idiomas, porque sería un material muy útil para la comunidad hispanoparlante que no domina el inglés.

Grabaciones de audio de conferencias en la Fundación Juan March

José María Fernández González — Wed, 04 Jun 2008 10:40:00 GMT

Acabo de enterarme por mi compañero de trabajo Ildefonso Cases que la Fundación Juan March acaba de hacer públicas a través de su página web las grabaciones de audio de todas las conferencias y charlas que desde 1975 se han celebrado allí.

Por lo que Ildefonso nos ha contado por correo a mí y al resto de mis compañeros, las grabaciones abarcan toda clase de campos, desde Arte hasta Psicoanálisis, incluyendo un número de charlas sobre Biología Molecular. Por lo que ha encontrado Ildefonso, casi todos los personajes contemporáneos relevantes en la ciencia española han dado una ponencia en la Fundación Juan March en el rango de tiempo de las grabaciones: Severo Ochoa ^(g), Margarita Salas ^(g), Alberto Sols ^(g), Juan Oró (¡hablando sobre vida en Marte en 1975!), Miguel Beato ^(g), Manuel Perucho ^(g), Antonio García-Bellido ^(g), Mariano Barbacid ^(g), etc...

También hay registradas ponencias de afamados Premios Nobel, como Max Perutz, César Milstein, Sydney Brenner, Walter Gilbert, Aaron Klug, H. Gobind Khorana, John E. Walker, Paul Berg, etc...

La fuente que tomó Ildefonso para enterarse de esto es la noticia publicada hoy en El País, titulada "Recuperar la voz del saber".

Material educativo online sobre bioinformática

José María Fernández González — Thu, 08 May 2008 17:09:00 GMT

Cada día que pasa YouTube y otros sitios de vídeos online proporcionan más y más material interesante relacionado con Biología Molecular, Bioinformática y la divulgación científica en general. Como muestra os incluyo este vídeo sobre cómo se llega a la síntesis de una proteína a partir del RNA, y que está a su vez relacionado con muchos otros disponibles.

Entre las fuentes de videos educativos empieza a destacar el sitio Free Science Videos and Lectures, donde podeis encontrar videos compilados de YouTube tanto con imágenes reales de experimentos, como imágenes generadas por ordenador, de las más diversas áreas de conocimiento. El único inconveniente para l@s que no se os dé bien el inglés es el idioma, pero muchos de estos videos son fácilmente comprensible sólo a partir de las imágenes.

Fold Space navigator

José María Fernández González — Tue, 15 Jan 2008 08:30:00 GMT

Acaba de llegarme información por el lado de Ana Rojas sobre un sitio web relacionado con la bioinformática estructural. Se trata del C.A.M.E. (Center of Applied Molecular Engineering), donde hay disponible un catálogo interesante de servicios bioinformáticos. Entre ellos, el que más le llamó la atención a Ana fue el Fold Space navigator, que es una aplicación basada en Flash que te permite estudiar el espacio conocido de plegamientos de proteínas, y las interrelaciones existentes estos plegamientos por sus coocurrencias en estructuras. La aplicación usa la información proveniente de las bases de datos estructurales COPS, SCOP y CATH. La aplicación permite ver, mediante un identificador de PDB, toda la información que posee relacionada con esa entrada mediante el visor integrado en forma de árbol. Además, permite lanzar el servicio TopMatch de superposición de estructuras, para comparar las diferencias entre las estructuras mediante Jmol, y que proporciona información detallada a varios niveles.

Enlaces:

Servicios del C.A.M.E.

ClustalW, el 'abuelo' de los alineamientos múltiples, llega a 2.0

José María Fernández González — Sat, 22 Sep 2007 19:02:00 GMT

Cuando uno empieza en bioinformática a trabajar en temas de análisis de secuencias, lo primero que aprende es a usar herramientas como NCBI Blast para el alineamiento de secuencias y Clustal W para el alineamiento múltiple de un conjunto de ellas. Éste último programa ha sido durante mucho tiempo el estándar de facto a la hora de realizar alineamientos múltiples y calcular árboles filogenéticos, a pesar de fallos puntuales existentes en algunas versiones del programa. Justo ahora, casi 20 años después de su primera encarnación, ha salido a la luz Clustal W 2.0. Ha sido un largo viaje, así que hagamos un poco de "arqueo-bioinformática"...

SciVee: el 'YouTube' de la ciencia

José María Fernández González — Mon, 27 Aug 2007 17:41:00 GMT

Gracias a Almudena, me he enterado de que en la versión electrónica del periódico El Mundo el pasado viernes apareció una noticia sobre SciVee, que a grandes rasgos es como un YouTube de ciencia. Tomando prestados fragmentos de un par de párrafos de la noticia original:

Vídeos de científicos dando a conocer sus resultados. Grosso modo, esto es lo que se puede encontrar en SciVee, una página web realizada por y para investigadores y que sigue una estructura parecida a la del archiconocido Youtube. [...]

Como una conferencia en un congreso pero sin límites de espacio ni de tiempo. Así describen SciVee sus creadores. Los expertos graban su voz (con o sin imagen), la sincronizan con una presentación de Powerpoint y ponen el resultado a disposición de la comunidad virtual. Se trata de ofrecer ciencia de manera gratuita, facilitando su difusión y comprensión.

Extensiones de OpenOffice para cálculo científico (II): R and Calc

José María Fernández González — Fri, 24 Aug 2007 19:38:00 GMT

Tal como conté en la entrada anterior, dentro de poco se va a celebrar en Barcelona el OOoCon 2007, la principal conferencia de anual de OpenOffice, y echándole un vistazo al programa de la conferencia, me encontré con un par de ponencias asociadas a nuevas extensiones de OpenOffice, potencialmente útiles para el cálculo científico: Tavernalc y R and Calc. En esta entrada hablo de esta segunda extensión, la cuál he tenido el gusto de probar esta misma mañana.

Extensiones de OpenOffice para cálculo científico (I): Tavernalc

José María Fernández González — Fri, 24 Aug 2007 18:43:00 GMT

OpenOffice se usa cada día más en el trabajo bioinformático diario, no por ser la mejor suite de ofimática (que no lo es), ni por ser gratuita. Una de las razones principales es que, pese a sus limitaciones, OpenOffice se puede ejecutar tanto en nuestro portátil como en la misma estación de trabajo que usamos para crear nuestros programas en C, Java, Perl o Python y para lanzar BLAST, HMMER, R, ClustalW, CD-HIT o Coot. ¡Y esto ahorra mucho tiempo por no tener que estar cambiando de ordenador o formatos cada dos por tres!

Dentro de poco se va a celebrar en Barcelona el OOoCon 2007, la principal conferencia de anual de OpenOffice. Echándole un vistazo al programa de la conferencia, me encontré con un par de ponencias asociadas a nuevas extensiones de OpenOffice, potencialmente útiles para el cálculo científico: Tavernalc y R and Calc. En esta entrada hablaré de la primera, dejando la segunda para la siguiente entrada.

Blogs de bioinformática y Bioinformatics Zen

José María Fernández González — Fri, 08 Jun 2007 19:02:00 GMT

De nuevo David González (¡gracias David!) me ha mandado un enlace interesante sobre bioinformática. Se trata de Bioinformatics Zen, un blog de bioinformática en inglés. La última entrada publicada en ese blog trata sobre la edición especial de bio::blogs (que es un blog carnival), que cita entradas de los mejores blogs de bioinformática existentes, y que es publicada en nodalpoint.org. Se nota que los autores de bio::blogs se curran bastante sus recopilatorios, porque para cada edición generan un PDF descargable para cada uno de ellos. Todo el contenido de los recopilatorios ha sido obtenido de blogs científicos, con lo que son una buena fuente de divulgación cientifíca sobre los últimos avances en bioinformática.

Enlaces:

Bioinformatics Zen: http://www.bioinformaticszen.com/
Nodalpoint: http://www.nodalpoint.org/
bio::blogs: http://bioblogs.wordpress.com/