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Más artículos sobre el fraude a la hora de publicar

José María Fernández González — Sun, 06 Jul 2008 09:46:00 GMT

Hace un mes publiqué en este blog una entrada reference al fraude a la hora de publicar en el ámbito científico, haciendo eco de otras entradas que hablaban sobre este grave problema. Seguramente desde antes de esas fechas ha aumentado por todo el mundo científico la preocupación por estos fraudes, que minan la credibilidad en un trabajo generalmente metódico y bien hecho como el de la investigación científica. Por ello el pasado 19 de Junio salió publicado un comentario sobre un informe bastante extenso sobre el fraude científico en Estados Unidos en la revista Nature, abordando el problema. El informe está cimentado sobre una investigación a 2212 investigador@s científic@s, de los cuáles 201 daban señales de malas prácticas. En Estados Unidos existe la ORI (Office of Research Integrity, oficina para la integridad en la investigación científica), que se encarga de evaluar todos los informes sobre prácticas científicas sospechosas en centros de investigación que reciben financiación del DHHS (Department of Health and Human Services, departamento de servicios humanos y salud), pero está limitado a sólo esos casos. También intenta prevenir estas prácticas fraudulentas mediante la educación y medidas disuasorias.

Encuesta para crear un boceto de las distintas posibles carreras de un@ bioinformátic@

José María Fernández González — Wed, 02 Jul 2008 08:39:00 GMT

Por el lado de Ana Rojas (¡que ya es cinturón negro de Jiu-Jitsu! y que le llegó a su vez por su amigo Andreu) me ha llegado el enlace a una entrada interesante del blog Bioinformatics Zen. En la entrada de ayer Creating a picture of different careers in bioinformatics aparece una encuesta para intentar crear un boceto de las distintas posibles carreras de un@ bioinformátic@. Esta entrada surgió a partir de los comentarios que suscitaron la publicación de The past and future of a career in bioinformatics el pasado 5 de Septiembre de 2007 en Bioinformatics Zen. Según la noticia, desde ayer 1 de Julio hasta el próximo 1 de Agosto no se hará público ningún resultado, y el formulario de la encuesta funcionará hasta el día 1 de Septiembre, momento en que su autor compilará todos los resultados para generar una nueva entrada de blog con los resultados de la misma, y algunas conclusiones.

Por si os interesa, voy a embeber la página de la encuesta en la versión completa de esta entrada, para que la podais rellenar.

El autor de HMMer era creador de rutinas para videojuegos

José María Fernández González — Thu, 12 Jun 2008 13:55:00 GMT

Much@s de vosotr@s conocereis casos de personas que cambian radicalmente de trabajo o de estilo de vida. Gente que antes trabajaba para la empresa privada entra en el mundo de investigación (algun@s de mis compañer@s), gente del mundo de la investigación decide abandonarlo todo y se pone a viajar por todo el mundo (¿por dónde andarás, Josetxu?), etc.. En el número de este mes de la revista The Scientist aparece una entrevista a Sean Eddy, creador de HMMer.

Dentro de la entrevista me llamó la atención que era un adicto de un viejo videojuego llamado Empire, y que para él creó gran cantidad de rutinas para automatizar la mayor parte de las operaciones económicas y militares. Según él, casi todo lo aprendido al programar estas rutinas lo recicló para sus programas de alineamiento de secuencias y plegamiento de RNA.

Grabaciones de audio de conferencias en la Fundación Juan March

José María Fernández González — Wed, 04 Jun 2008 10:40:00 GMT

Acabo de enterarme por mi compañero de trabajo Ildefonso Cases que la Fundación Juan March acaba de hacer públicas a través de su página web las grabaciones de audio de todas las conferencias y charlas que desde 1975 se han celebrado allí.

Por lo que Ildefonso nos ha contado por correo a mí y al resto de mis compañeros, las grabaciones abarcan toda clase de campos, desde Arte hasta Psicoanálisis, incluyendo un número de charlas sobre Biología Molecular. Por lo que ha encontrado Ildefonso, casi todos los personajes contemporáneos relevantes en la ciencia española han dado una ponencia en la Fundación Juan March en el rango de tiempo de las grabaciones: Severo Ochoa ^(g), Margarita Salas ^(g), Alberto Sols ^(g), Juan Oró (¡hablando sobre vida en Marte en 1975!), Miguel Beato ^(g), Manuel Perucho ^(g), Antonio García-Bellido ^(g), Mariano Barbacid ^(g), etc...

También hay registradas ponencias de afamados Premios Nobel, como Max Perutz, César Milstein, Sydney Brenner, Walter Gilbert, Aaron Klug, H. Gobind Khorana, John E. Walker, Paul Berg, etc...

La fuente que tomó Ildefonso para enterarse de esto es la noticia publicada hoy en El País, titulada "Recuperar la voz del saber".

Fraude a la hora de publicar: demasiada gente "retoca" los resultados

José María Fernández González — Mon, 02 Jun 2008 14:27:00 GMT

Hoy gracias a un mensaje de mi compañero de trabajo Jan-Jaap me he encontrado con la siguiente noticia publicada el 29 de Mayo en boingboing y en The Chronicle of Higher Education: los editores y referees de las revistas se están encontrando cada vez más casos de retoque fotográfico de los supuestos resultados experimentales obtenidos por autores de manuscritos candidatos a ser publicados.

Es tal el nivel de fraude, que algunas revistas como las del grupo Nature Publishing se están planteando migrar de su modelo actual de detección del fraude mediante revisión aleatoria de un par de artículos por mes a otro más sofisticado. Este nuevo modelo usaría software que detectaría a nivel de imagen los "artefactos" que introducen los programas de retocado como Photoshop o GIMP.

Os recomiendo que os leais las noticias originales, porque no tienen desperdicio...

Enlaces:

Workshop en Barcelona "Getting the most from biomolecular simulations: a practical workshop"

José María Fernández González — Thu, 15 May 2008 09:23:00 GMT

Siguen llegando mensajes sobre reuniones, conferencias y cursos de verano, y como siempre hay que plantearse ahora la decisión de asistir a dos meses vista, por el tema de las fechas límite de inscripción. En este caso le llegó a mi compañero de trabajo David G. Pisano, y se trata de una variante de las Barcelona Biomed Conferences, en formato de workshop, titulado Getting the most from biomolecular simulations: a practical workshop. Se va a celebrar en Barcelona, del 10 al 11 de Julio de 2008, va a seguir una pauta mixta de charlas + sesiones prácticas, y va a estar enfocado en la exploración del estado del arte en el campo de las simulaciones biomoleculares (algoritmos, corrección de errores acumulados, parámetros de simulación, etc...).

Para más información es conveniente consultar el programa científico del workshop. El 23 de Mayo es la fecha límite para poder preinscribirse en este workshop, y debido al número limitado de plazas disponibles (sólo 36), el 30 de Mayo se confirmará la inscripción a aquell@s de vosotr@s que os hayais preinscrito y seais admitid@s. Así que si estais interesad@s es aconsejable que os preinscribais ya. A continuación os incluyo el mensaje original, donde aparecen datos adicionales:

Curso de verano "BIOINFORMATICS AND FUNCTIONAL GENOMICS: from genes to functions and networks"

José María Fernández González — Fri, 09 May 2008 14:19:00 GMT

Ya falta menos para el verano (a pesar de las lluvias de los últimos días), y eso se nota en parte porque empiezan a llegar los anuncios de los distintos cursos de verano que va a haber. Uno de ellos es "BIOINFORMATICS AND FUNCTIONAL GENOMICS: from genes to functions and networks", que se celebrará en el Centro de Investigación del Cancer (CIC-IBMCC, CSIC/USAL) de Salamanca (entrada Wikipedia) los próximos días 18, 19 y 20 de Junio. Por lo que se puede leer en el programa del curso, su objetivo principal es ser un curso práctico (hay que llevar portátil) sobre herramientas y métodos bioinformáticos, enfocado en estudios de genómica funcional (p.ej. métodos y estrategias para realizar un análisis robusto a los datos de experimientos con microarrays).

El programa del curso está disponible online en formato PDF, y proporciona muchos más detalles de los que he mencionado. Para l@s que esteis interesad@s en asistir, la inscripción en el curso cuesta 280€ hasta el 31 de Mayo, y 325€ si se realiza a posteriori.

Ha fallecido Ángel Ramírez Ortiz

José María Fernández González — Tue, 06 May 2008 08:48:00 GMT

Acaba de llegarme de mi jefe, Alfonso Valencia, un correo sobre el fallecimiento de Ángel Ramírez Ortiz, al cuál no tuve la oportunidad de tratar y conocer lo suficiente. A continuación os incluyo parte de las palabras de Alfonso:

Hoy ha fallecido nuestro colega Ángel Ramírez Ortiz.

Ángel era uno de los Bioinformáticos más destacados del país y
una figura importante del panorama internacional. Su grupo se
había consolidado en el CBM como partícipe en las principales
actividades científicas en este área y alcanzado una enorme
proyección. Toda una actividad que queda lamentablemente
interrumpida con su muy temprano fallecimiento tras una larga
y penosa enfermedad.

Para todos los que lo conocimos permanecerá en el recuerdo como
un científico de una fuerte personalidad, criterio agudo,
motivado y competitivo, y ciertamente irremplazable.

Por mi parte, mi más sentido pésame para su familia y allegados.

Financiación de encuentros, visitas e intercambios

José María Fernández González — Mon, 28 Apr 2008 08:38:00 GMT

En bioinformática, como en casi todas las disciplinas científicas, una de las piedras angular de la difusión de la investigación punta (la que todavía no ha sido publicada o no ha sido terminada) es mediante la celebración de encuentros, estancias en otros centros de investigación, visitas puntuales e intercambios. El principal problema para poder realizar todas estas actividades es normalmente el dinero. Los proyectos de investigación son los que normalmente proporcionan esos fondos, pero no siempre se pueden aplicar como se desearía debido a restricciones en las normativas de cada proyecto (por ejemplo, restricción de destino de los viajes), o bien no hay fondos suficientes.

Por ello, organizaciones como la ESF (European Science Foundation) organizan y coordinan programas para proveer esos fondos necesarios para el flujo del conocimiento científico a aquellas propuestas interesantes por parte de investigador@s que los necesitan. Os incluyo a continuación el anuncio concerniente a uno de esos programas, que admitirá propuestas hasta el próximo 2 de Mayo:

Grand Challenges in Computational Biology, 2-4 de Junio, Barcelona

José María Fernández González — Mon, 31 Mar 2008 14:19:00 GMT

De parte de Josep Ll. Gelpi me acaba de llegar un correo informando que el plazo de envío de comunicaciones para la conferencia Grand Challenges in Computational Biology, organizada de forma conjunta por Barcelona Supercomputing Center (BSC) e IRB Barcelona, ha sido ampliado hasta el próximo 7 de Abril. Además, ese día también vence el plazo para la inscripción a precio reducido en la conferencia. Para obtener más información, sólo teneis que consultar la web http://mmb.pcb.ub.es/bscirb2008, o bien escribir un correo a bscirb2008@mmb.pcb.ub.es.

A continuación os incluyo el correo original, donde se proporcionan algunos detalles adicionales sobre la conferencia: