Artículos interesantes

Más artículos sobre el fraude a la hora de publicar

José María Fernández González — Sun, 06 Jul 2008 09:46:00 GMT

Hace un mes publiqué en este blog una entrada reference al fraude a la hora de publicar en el ámbito científico, haciendo eco de otras entradas que hablaban sobre este grave problema. Seguramente desde antes de esas fechas ha aumentado por todo el mundo científico la preocupación por estos fraudes, que minan la credibilidad en un trabajo generalmente metódico y bien hecho como el de la investigación científica. Por ello el pasado 19 de Junio salió publicado un comentario sobre un informe bastante extenso sobre el fraude científico en Estados Unidos en la revista Nature, abordando el problema. El informe está cimentado sobre una investigación a 2212 investigador@s científic@s, de los cuáles 201 daban señales de malas prácticas. En Estados Unidos existe la ORI (Office of Research Integrity, oficina para la integridad en la investigación científica), que se encarga de evaluar todos los informes sobre prácticas científicas sospechosas en centros de investigación que reciben financiación del DHHS (Department of Health and Human Services, departamento de servicios humanos y salud), pero está limitado a sólo esos casos. También intenta prevenir estas prácticas fraudulentas mediante la educación y medidas disuasorias.

Encuesta para crear un boceto de las distintas posibles carreras de un@ bioinformátic@

José María Fernández González — Wed, 02 Jul 2008 08:39:00 GMT

Por el lado de Ana Rojas (¡que ya es cinturón negro de Jiu-Jitsu! y que le llegó a su vez por su amigo Andreu) me ha llegado el enlace a una entrada interesante del blog Bioinformatics Zen. En la entrada de ayer Creating a picture of different careers in bioinformatics aparece una encuesta para intentar crear un boceto de las distintas posibles carreras de un@ bioinformátic@. Esta entrada surgió a partir de los comentarios que suscitaron la publicación de The past and future of a career in bioinformatics el pasado 5 de Septiembre de 2007 en Bioinformatics Zen. Según la noticia, desde ayer 1 de Julio hasta el próximo 1 de Agosto no se hará público ningún resultado, y el formulario de la encuesta funcionará hasta el día 1 de Septiembre, momento en que su autor compilará todos los resultados para generar una nueva entrada de blog con los resultados de la misma, y algunas conclusiones.

Por si os interesa, voy a embeber la página de la encuesta en la versión completa de esta entrada, para que la podais rellenar.

El autor de HMMer era creador de rutinas para videojuegos

José María Fernández González — Thu, 12 Jun 2008 13:55:00 GMT

Much@s de vosotr@s conocereis casos de personas que cambian radicalmente de trabajo o de estilo de vida. Gente que antes trabajaba para la empresa privada entra en el mundo de investigación (algun@s de mis compañer@s), gente del mundo de la investigación decide abandonarlo todo y se pone a viajar por todo el mundo (¿por dónde andarás, Josetxu?), etc.. En el número de este mes de la revista The Scientist aparece una entrevista a Sean Eddy, creador de HMMer.

Dentro de la entrevista me llamó la atención que era un adicto de un viejo videojuego llamado Empire, y que para él creó gran cantidad de rutinas para automatizar la mayor parte de las operaciones económicas y militares. Según él, casi todo lo aprendido al programar estas rutinas lo recicló para sus programas de alineamiento de secuencias y plegamiento de RNA.

Verificación de Referencias Bibliográficas: ¿torres defectuosas del conocimiento?

José María Fernández González — Wed, 04 Jun 2008 08:46:00 GMT

Hace un par de días mi compañero de trabajo Martin Krallinger encontró el artículo que da título a esta entrada de blog: "The Ombudsam: Verification of Citations: Fawlty Towers of Knowledge?". En él sus autores exponen que una de las taras sobre el crecimiento del conocimiento científico es la prevalencia de referencias bibliográficas mal asignadas o erróneas. Por ejemplo, si un artículo es publicado con insuficientes referencias bibliográficas, será más difícil encontrar los trabajos anteriores relacionados. O también, el hecho de que parte de las referencias bibliográficas estén mal establecidas (mal escritas, son incorrectas o inadecuadas,...) puede hacer que otr@s investigador@s usuarios de programas automatizados de recuperación de información (por ejemplo, técnicas de text mining) obtengan resultados sesgados, incorrectos o incompletos.

Como no tengo acceso al artículo como tal (sólo está accesible su introducción), no puedo formarme una opinión mejor sobre el estudio, y cuál es el soporte estadístico para las afirmaciones que aparecen en la introducción. Un artículo también relacionado con las referencias bibliográficas fue comentado hace un par de años en el blog Cuaderno de Bitácora Estelar, en ese caso relacionando la popularidad de los artículos, medida en función del número de veces que se citan, con su mención o referencia en prensa.

Charla online sobre Bioinformática y Rosalind Franklin, una olvidada de la ciencia

José María Fernández González — Wed, 30 Jan 2008 11:36:00 GMT

Hace un par de meses, con motivo de la VII Semana de la Ciencia de la Comunidad de Madrid, dio mi compañera de trabajo Ana Rojas una charla titulada "Del microscopio al ordenador: ¿Qué puede hacer la Bioinformática?", y que se encuentra disponible en la Mediateca de Madri+d. En su momento tuve la oportunidad de asistir a dicha charla, y me llevé una agradable sorpresa por la gran cantidad de chavales de instituto (sobre todo muchachas) interesados por la charla (casi se llenó por completo el auditorio del CNIO) ¡y estaban incluso tomando notas! Al enterarme de que habían grabado la charla y que la iban a poner accesible vía web me alegré mucho, porque fue muy, muy amena.

Así mismo, tuve la oportunidad de conocer una de las muchas injusticias que se ha producido en el mundo desde el principio de los tiempos. Está relacionado con el descubrimiento de la estructura del ADN, y con quién realizó realmente todo el trabajo. Aunque los más nombrados son siempre James D. Watson y Francis Crick, también hubo muchas personas por detrás trabajando en el proyecto, para que al final principalmente sólo ellos se llevaran los méritos y la fama.

Paleovirología y retrovirus

José María Fernández González — Tue, 27 Nov 2007 15:39:00 GMT

Esta mañana Carlos Rodríguez nos pasó a mí y a otros compañeros de trabajo un artículo de divulgación científica del diario The New Yorker, en el cuál se menciona la paleovirología, una ciencia que ni si quiera aparece referencia en Wikipedia, versiones española e inglesa. El artículo se titula "Darwin's surprise. Why are evolutionary biologists bringing back deadly viruses?", que intentaré resumir muy por encima a continuación:

ClustalW, el 'abuelo' de los alineamientos múltiples, llega a 2.0

José María Fernández González — Sat, 22 Sep 2007 19:02:00 GMT

Cuando uno empieza en bioinformática a trabajar en temas de análisis de secuencias, lo primero que aprende es a usar herramientas como NCBI Blast para el alineamiento de secuencias y Clustal W para el alineamiento múltiple de un conjunto de ellas. Éste último programa ha sido durante mucho tiempo el estándar de facto a la hora de realizar alineamientos múltiples y calcular árboles filogenéticos, a pesar de fallos puntuales existentes en algunas versiones del programa. Justo ahora, casi 20 años después de su primera encarnación, ha salido a la luz Clustal W 2.0. Ha sido un largo viaje, así que hagamos un poco de "arqueo-bioinformática"...

¿Cómo suenan las proteínas?

José María Fernández González — Mon, 07 May 2007 22:22:00 GMT

Gracias a David González (compañero del CNIO), me he enterado de que acaba de salir publicado en Genome Biology un artículo titulado "Conversion of amino-acid sequence in proteins to classical music: search for auditory patters", que trata sobre cómo representar las secuencias de aminoácidos en partituras musicales que sean además agradables. Algun@s de l@s que estais leyendo pensareis '¡pues vaya tontería!', y os puedo asegurar que no lo es en absoluto.

No es nada nuevo que algunos científicos hayan buscado una manera de trasladar el código genético (secuencias de nucleótidos y secuencias de aminoácidos) a sonidos. Los objetivos están claros: permitir que personas con problemas visuales sean capaces de "ver" las secuencias por otros medios, hacer más atractiva la biología a los jóvenes, etc... Sin embargo, las soluciones encontradas anteriormente, basadas principalmente en traducir cada resíduo (ya sea nucleótido o aminoácido) en una nota musical distinta, no eran satisfactorias. Las partituras generadas por este método a partir de secuencias de nucleótidos tienen a ser muy monótonas, por haber sólo 4 nucleótidos distintos, produciéndose sólo 4 notas distintas. Para el caso de las secuencias de aminoácidos, las partituras generadas contenían muchos altibajos entre las distintas notas, lo que llevaba a que no fuera muy agradable de oír.

¿Quién dice que la gente de ciencia no tiene sentido del humor?

José María Fernández González — Wed, 21 Mar 2007 20:45:00 GMT

Ayer me escribió Ra y Mon (bioinformático de la Universidat Pompeu Fabra) para comentarme que había publicado en su blog, Pensamientos Aleatorios, un artículo humorístico sobre la bioinformática. Me he leído el artículo, y el estilo se asemeja bastante al de los mejores monologuistas. Si teneis ganas de (son)reir un rato, o comprender a "La Bioinformática, eza gran dezconocía" os lo recomiendo. El artículo se titula "La bioinformática, una ciencia en riesgo", y originalmente fue publicado en catalán en la revista Omins Cellula de la entidad divulgativa Omnis Cellula, asociada a la Universitat de Barcelona y a su Facultad de Biología.

http://penaleat.blogspot.com/2007/03/la-bioinfrmatica-una-ciencia-de-riesgo.html

¿Quién se ofrece a traducirlo al inglés?

Desenredando un nuevo código genético en la mitocondria de los artrópodos

José María Fernández González — Tue, 28 Nov 2006 14:33:00 GMT

Cuando asisto a congresos y reuniones relacionadas con la bioinformática, pocas veces tengo la oportunidad de encontrar charlas tan interesantes y bonitas como la que impartió Federico Abascal en las JdB2006, titulada 'Unravelling a new genetic code in the mitochondria of arthropods'. Hablando con él (y aprovechando que lo conozco desde hace mucho y que conoce el blog), le pedí que escribiera un resumen para publicarlo aquí. Os lo incluyo a continuación: