Artículos interesantes

Durísimo editorial de Nature contra el recorte en Ciencia e I+D en España

José María Fernández González — Mon, 16 Nov 2009 05:50:00 GMT

Gracias al blog 'Por la investigación' me he enterado del editorial publicado el 12 de Noviembre por la revista Nature, titulado 'No turning back', y que empieza con la frase "España no debería usar la recesión como excusa para paralizar los planes de impulso de su actividad científica".

El editorial empieza por explicar brevemente los logros de España, que han hecho que haya ganado una gran relevancia mundial a nivel científico, principalmente debido al aumento de las inversiones en Ciencia a lo largo de los años, culminando con la creación de un Ministerio de Ciencia e Innovación Tecnológica. Luego llega al punto de los recortes en las inversiones para 2010, enumerando los distintos recortes que fueron evaluados (inicialmente, el recorte ¡iba a ser del 40%!). Continúa mencionando la Nueva Ley de Ciencia (aún en formato de proyecto), que se suponía que iba a cambiar el panorama científico español, aportándole dinamismo por facilitar las contrataciones y poder ofrecer sueldos competitivos en el ámbito de la investigación a nivel internacional.

La parte final del editorial critica la decisión de recortar la inversión en ciencia, tal vez basada en la idea errónea de que la transferencia de conocimiento seguirá suciediendo aún frenando el "motor" de la Ciencia Básica. Sobre todo queda patente lo opuesta que es a la tendencia general, al compararla con las decisiones de aumento de las inversiones tomada por países tan dispares como Alemania o Grecia.

Tal como concluye el editorial, España puede estar en su segunda Edad de Plata en la Investigación Científica, pero está adentrándose en su Edad de Bronce a la hora de las inversiones en I+D y Ciencia.

JBrowse, el nuevo visor genómico de Lincoln Stein

José María Fernández González — Fri, 25 Sep 2009 02:52:00 GMT

Gracias a David me he enterado que Lincoln Stein, creador de DAS y GBrowse (entre otros muchos protocolos, sistemas, visores y librerías) vuelve a la carga con un nuevo visor genómico: JBrowse. El artículo que describe este visor se titula "JBrowse: a next-generation genome browser", está disponible de forma pública y ha salido publicado en la revista Genome Research.

¿Debería ser eliminada la aplicación de copyrights del trabajo científico publicado?

José María Fernández González — Wed, 29 Jul 2009 18:05:00 GMT

Así es como se traduce más o menos el título del artículo Should Copyright Be Abolished On Academic Work? publicado en Techdirt el pasado 24 de Julio, basado en un artículo del mismo nombre del 20 de Julio publicado en la web del Harvard's Berkman Center For Internet and Society, y a su vez basado en un artículo de 61 páginas (en PDF) con el mismo título de Steven Shavell.

Básicamente empieza contando alguna de las paradojas introducidas por el sistema de copyrights de algunas revistas científicas, siendo la más obvia que si quieres publicar, debes ceder a la editorial tus derechos de copyright sobre el material publicado, perdiendo todo derecho legal a publicar en tu propia web dicho contenido. Una de las paradojas es la de un autor de un artículo que detalle las técnicas experimentales usadas para obtener una muestra, que se ve obligado en artículos posteriores relacionados a empezar de cero con todo el proceso de generación de la muestra para no infringir copyrights, ¡aún teniendo material suficiente de la primera vez para seguir con los experimentos!

Luego continúa desarrollando la idea del freno que imponen las leyes del copyright sobre el desarrollo del trabajo científico, al parar la distribución del conocimiento en la comunidad científica y provocar mayores gastos en investigación.

Quien tenga la voluntad de leerse la versión original de 61 páginas, ¡que la comente aquí!

Uso de Google Wave en el mundo de la investigación

José María Fernández González — Wed, 22 Jul 2009 23:46:00 GMT

Rescatando de mi correo un par de enlaces que me había mandado David González Pisano hace medio mes, me he encontrado una noticia publicada el 8 de Junio en el blog Science in the open sobre el uso de la herramienta colaborativa Google Wave en el ámbito de la investigación científica.

En pocas palabras, Google Wave permite elaborar de forma colaborativa e interactiva documentos complejos compuestos de waves. ¿Y qué es un wave? Básicamente, toda estructura de datos que permita la API de Google Wave: imágenes, texto formateado, mapas, videos, gráficas, etc... Como la API y el protocolo de Google Wave son abiertos y están documentados, ya están pululando por la red ideas sobre usar Google Wave para trabajo colaborativo en herramientas open-source muy diversas, como GIMP u OpenOffice.

Que tienen en común la ideología Open Source y la Ciencia

José María Fernández González — Sat, 13 Jun 2009 23:34:00 GMT

Eso es lo que se pregunta el autor del artículo What Open Source shares with Science aparecido el el viernes 12 de Junio en el blog "Kaotic Musings", hospedado en ZDNet. El artículo está en inglés y es bastante largo, comenzando con exponer que la ideología Open Source se asemeja en algunos puntos al estilo científico, indagando qué puede aportar el bien asentado método científico a la contrucción de software. Sinceramente, os lo recomiendo. Y aquí comienza mi pequeña aportación:

Más de 13000 personas ofrecen públicamente su genoma

José María Fernández González — Mon, 18 May 2009 20:08:00 GMT

Pues sí, hemos pasado de que la gente ofrezca el código fuente de sus librerías y programas, los ficheros originales de sus diseños, los documentos que ha escrito, etc... de forma pública a que la gente empiece a ofrecer públicamente su genoma. El proyecto Personal Genome Project (http://www.personalgenomes.org/ , referencia en la Wikipedia española) consiste en intentar que avance el campo de la genómica personalizada, directamente enlazado con la medicina personalizada.

¿Cómo quieren conseguir esto? Sencillamente, empezando por conseguir toda la información posible, y para ello están "reclutando" voluntarios que ofrezcan sus informes médicos y código genético de forma pública. El genoma de cada voluntario se secuenciará, proporcionando información muy valiosa sobre SNPs (Single Nucleotide Polimorfism) y CNVs (Copy Number Variations) en su conjunto.

Competición sobre la detección de plagios científicos

José María Fernández González — Sat, 16 May 2009 02:14:00 GMT

En el mundo de la ciencia hay competiciones de todo tipo, y ya he mencionado en este blog algunas de las existentes en bioinformática. Pero una que por suerte o por desgracia acaba de surgir es una competición relacionda con minería de textos científicos enfocada en la detección de plagios: SEPLN'09 Workshop PAN. Uncovering Plagiarism, Authorship and Social Software Misuse.

Los dos objetivos de esta competición son el análisis del plagio tanto externo como intrínseco:

El análisis del plagio externo toma como base un conjunto de documentos sospechosos y un conjunto de documentos originales, y consiste en identificar qué partes de los documentos originales han sido plagiadas en los documentos sospechosos.
El análisis del plagio intrínseco es más sutil (y a la vez, más difícil), porque toma como base sólamente un conjunto de documentos sospechosos, sin poder tomar información externa de otros documentos, y hay que identificar aquellos pasajes plagiados, por ejemplo detectando los cambios bruscos en el estilo literario.

Será interesante ver qué resultados, software y conclusiones surgen de esta competición.

"Los siete pecados capitales de la Bioinformática"

José María Fernández González — Fri, 27 Mar 2009 11:32:00 GMT

Así se titula la presentación de Carole Goble The Seven Deadly Sins of Bioinformatics, que está colgada en SlideShare, y donde se despacha a gusto, sin pelos en la lengua.

The Seven Deadly Sins of Bioinformatics

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Es una presentación que os recomiendo que os leais, ¡aunque pueda levantar ampollas!

"Dopaje al servicio de la inteligencia"

José María Fernández González — Tue, 21 Oct 2008 12:02:00 GMT

Así se titula una noticia que ha aparecido hoy 21-10-2008 en la versión digital de El País. En ella se habla de las razones por las que hay científic@s que llegan a doparse con sustancias neuroestimulantes para potenciar los procesos mentales, el aguante mental ante largas jornadas de trabajo, etc... así como de las sustancias que toman. Esta noticia está basada principalmente en los resultados obtenidos de una encuesta online realizada a principios de año por la revista Nature, en la que participaron alrededor de 1400 personas de 60 países distintos, y cuyos resultados salieron publicados a principios de Abril. Ya se hizo eco en su momento el blog Wired Science, mencionando brevemente en la entrada '20 Percent of Scientists Admit Using Brain-Enhancing Drugs -- Do You?' los resultados de la encuesta, junto con el eco de una broma sobre hacer pruebas antidopaje que se realizó en el equivalente anglosajón del día de los inocentes.

Como se expone en la noticia de El País, ¿no es eso hacer trampa? Si el objetivo de toda investigacion científica fuera el bien de la humanidad, mucha gente lo "perdonaría". Pero seamos sinceros, el objetivo directo de buena parte de la investigación científica es obtener resultados para publicar, dar conferencias, conseguir becas, terminar tesis... y personalmente no pienso que "todo valga" para conseguir estos objetivos. Muchas mentes brillantes dejan el mundo de la investigación tras terminar sus tesis doctorales (o incluso antes) porque sus director@s de tesis, o el ambiente o área en el que trabajan les exigen jornadas maratonianas diarias, incluídos fines de semana, sacrificios a nivel personal... Y eso no es vida.

Más artículos sobre el fraude a la hora de publicar

José María Fernández González — Sun, 06 Jul 2008 09:46:00 GMT

Hace un mes publiqué en este blog una entrada reference al fraude a la hora de publicar en el ámbito científico, haciendo eco de otras entradas que hablaban sobre este grave problema. Seguramente desde antes de esas fechas ha aumentado por todo el mundo científico la preocupación por estos fraudes, que minan la credibilidad en un trabajo generalmente metódico y bien hecho como el de la investigación científica. Por ello el pasado 19 de Junio salió publicado un comentario sobre un informe bastante extenso sobre el fraude científico en Estados Unidos en la revista Nature, abordando el problema. El informe está cimentado sobre una investigación a 2212 investigador@s científic@s, de los cuáles 201 daban señales de malas prácticas. En Estados Unidos existe la ORI (Office of Research Integrity, oficina para la integridad en la investigación científica), que se encarga de evaluar todos los informes sobre prácticas científicas sospechosas en centros de investigación que reciben financiación del DHHS (Department of Health and Human Services, departamento de servicios humanos y salud), pero está limitado a sólo esos casos. También intenta prevenir estas prácticas fraudulentas mediante la educación y medidas disuasorias.