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miércoles, 18 de marzo de 2009

Una aplicación bioinformática en GSoC 2009

Tal vez alguna vez habreis escuchado hablar en alguna ocasión del Google Summer of Code (GSoC). Es una iniciativa que lleva a cabo Google desde 2005, y que consiste en que Google patrocina a varios estudiantes que apliquen mejoras en una serie de proyectos de código abierto, descritas en propuestas que han sido previamente aprobadas por un comité de Google.

Entre las propuestas aprobadas este año se encuentran 4 propuestas del lado de las herramientas relacionadas con GenMAPP: GenMAPP, Cytoscape, Wiki Pathways y Path Visio. El anuncio original de la concesión, junto con el enlace, vienen a continuación:

Hi everyone.

GenMAPP/Cytoscape/Wikipathways/PathVisio has been accepted as a
mentoring organization of Google Summer of Code 2009 and we are
looking for good student programmers to solve some of the issues we
have to integrate/visualize network/expression data.  If you are from
academia, and know good student programmers, please forward this
message to them.

http://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2009

22:46 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (2)

Genome Projector: interfaz para Biología Molecular con capacidad de zoom

Otra herramienta interesante que acabo de ver en las sesiones de BioHackathon2009 es Genome Projector, que forma parte del proyecto G-language. Esta herramienta permite visualizar los mapas genómicos (tanto en formato circular como en formato lineal, según se pueda aplicar), de rutas metabólicas y de 'DNA walk' asociados a todos los genomas para los que esté calculado, que de momento son unos 319 genomas bacterianos ().

Esta herramienta web usa como motor de visualización la tecnología subyacente de Google Maps, de forma que permite ampliar o reducir la información mostrada, al igual que Google Maps lo permite en los mapas. Tiene algunos interesantes, como por ejemplo mostrar u ocultar en los mapas genómicos los niveles de expresión de los genes.

Enlaces

22:03 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (0)

genoDive, un programa de visualización de estructuras genómicas

En las sesiones de BioHackathon acabo de encontrarme con un nuevo programa de visualización de estructuras genómicas y su información asociada. Se llama genoDive, y aunque básicamente trabaja como un cliente DAS, da una nueva dimensión al concepto de exploración gráfica de las anotaciones genómicas.
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genoDive Es un programa que está ahora naciendo (es una versión 0.1alpha), está escrito en C++ y usa las librerías OpenGL para la visualización. Hay dos versiones del mismo, una enfocada en la visualización de genomas procariota con cromosomas circulares (Genotype Pro), mientras que la otra está dedicada a genomas eucariota (con cromosomas lineales).

Debido a ser tan nuevo, aún no están disponibles los enlaces de descarga ni de las compilaciones (para Mac OS X y Windows), ni el código fuente (que debería ser posible compilarlo en Linux, según los autores), por lo que sólo os puedo ofrecer los videos colgados, que se parecen a la demostración que acabo de ver.

Enlaces

21:34 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (0)