Enviado el jueves, 31 de julio de 2008 13:07
Como ya he mencionado en varias entradas de este blog a lo largo de un par de años, hay disponibles en internet varios
LiveCD y LiveDVD repletos de herramientas bioinformáticas. Y tal es el caso de
DNALinux, que se encuentra referenciado desde la página inglesa de Wikipedia relacionada con el término
BioLinux.
DNALinux se encuentra disponible en formato de LiveCD, y la imagen del mismo se distribuye comprimida en formato
tar +
7z tanto mediante mirrors distribuidos por el mundo como mediante el popular
protocolo BitTorrent. La versión actual se denomina
Virtual Desktop Edition, y según su página web actualmente contiene:
- NCBI BLAST 2.2.16
- NCBI NetBLAST 2.2.16
- EMBOSS 4.1.0
- ESIM4 (EMBOSS SIM4)
- MSE 1.0.0
- Phylip 3.6b
- Biopython 1.43
- BioPerl
- Kalign 1.04
- Clustalx and Clustalw 1.83
- njplot
- Polyxmass 0.9.7
- Primer3
- Rasmol 2.7.2.1.1
- Sigma-align 1.0
- t_coffe 2.50
- xviewg
- Treeviewx 0.5.1
- hmmer 2.3.2
- NCBI-epcr
- Cn3D NCBI Database Viewer
- DDV Sequence Alignment Viewer
- Entrez NCBI Database Querying Tool
- OneD Biological Sequence Viewer
- PyMOL Molecular Graphics System
- Sequin DNA Sequence Submission Tool
Si echais en falta alguna aplicación, los autores de este LiveCD admiten sugerencias a través de correo electrónico, para así incluirla en la siguiente
release.
Esperemos que a DNALinux no le pase como a otras iniciativas, que terminan quedándose congeladas con el paso del tiempo. La buena noticia es que cada vez hay más aplicaciones bioinformáticas integradas en las distribuciones de Linux, y que para otros sistemas como Mac OS X hay paquetes de programas disponibles listos para instalar.
¡Felices vacaciones!