Hace unos días, dejó Catalina en una hebra no relacionada la siguiente pregunta:

Como sabemos, existen diferentes programas para la visualizacion molecular tales como el RASMOL y el VMD. Me gustaría saber en qué se diferencian, ya que por lo que he leido son muy parecidos.

A nivel básico ambos programas se parecen, pero justo ahí divergen. Rasmol es una herramineta básica que apenas se mantiene hoy en día, pero que ha dejado su huella en el mundo de la bioinformática por haber estado en todas las plataformas, y por su sistema de scripts, que permite marcar/decorar secciones de las estructuras que estamos viendo, basándonos en sus propiedades. VMD es una herramienta principalmente usada en el área de dinámica molecular, que sigue estando muy mantenida (es capaz de aprovechar todos los procesadores/cores del sistema, e incluso la tarjeta gráfica). Además de soportar muchos más formatos de fichero que Rasmol (más de 60, por lo que he leído en su web), permite traducir entre ellos, viene con herramientas accesorias integradas (como un visor de alineamientos múltiples, por ejemplo) y que es capaz de interactuar con otras herramientas (como NAMD, a la hora de lanzar simulaciones he ir viendo resultados intermedios).

Existen otros programas para trabajar con estructuras 3D, como por ejemplo Pymol, Coot (usado principalmente por gente que trabaja en cristalografía de rayos X, determinando estructuras), Jmol (hecho en Java, disponible también como applet, y compatible desde las versión 10 a nivel de scripts con Rasmol), molmol (también tuvo su pequeño momento de gloria), etc... Y entonces os preguntareis, ¿por qué hay tantos programas que hacen lo mismo? Sencillamente, porque las características que los diferencian están especializadas en distintas parcelas de la bioinformática y la cristalografía de rayos X.

Mejor que haya diversidad a que haya imposibilidad.