Si hacen lo mismo, ¿por qué hay tantos?
Hace unos días, dejó Catalina en una hebra no relacionada la siguiente pregunta:
Como sabemos, existen diferentes programas para la visualizacionmolecular tales como el RASMOL y el VMD. Me gustaría saber en qué sediferencian, ya que por lo que he leido son muy parecidos.
A nivel básico ambos programas se parecen, pero justo ahí divergen. Rasmol es una herramineta básica que apenas se mantiene hoy en día, pero que ha dejado su huella en el mundo de la bioinformática por haber estado en todas las plataformas, y por su sistema de scripts, que permite marcar/decorar secciones de las estructuras que estamos viendo, basándonos en sus propiedades. VMD es una herramienta principalmente usada en el área de dinámica molecular, que sigue estando muy mantenida (es capaz de aprovechar todos los procesadores/cores del sistema, e incluso la tarjeta gráfica). Además de soportar muchos más formatos de fichero que Rasmol (más de 60, por lo que he leído en su web), permite traducir entre ellos, viene con herramientas accesorias integradas (como un visor de alineamientos múltiples, por ejemplo) y que es capaz de interactuar con otras herramientas (como NAMD, a la hora de lanzar simulaciones he ir viendo resultados intermedios).
Existen otros programas para trabajar con estructuras 3D, como por ejemplo Pymol, Coot (usado principalmente por gente que trabaja en cristalografía de rayos X, determinando estructuras), Jmol (hecho en Java, disponible también como applet, y compatible desde las versión 10 a nivel de scripts con Rasmol), molmol (también tuvo su pequeño momento de gloria), etc… Y entonces os preguntareis, ¿por qué hay tantos programas que hacen lo mismo? Sencillamente, porque las características que los diferencian están especializadas en distintas parcelas de la bioinformática y la cristalografía de rayos X.
Mejor que haya diversidad a que haya imposibilidad.
Viva la diversidad pero creo que con fines de publicar conviene más usar el Pymol, es muy intuitivo y deja hacer renders realmente buenos de las moléculas, los otros se me hacen super buenos pero más con fines didácticos.
Si tu objetivo es obtener renders muy buenos, pues sí, el PyMol está muy bien. Para otros temas otros programas pueden ser más adecuados, debido a su integración con otras herramientas. Tengo unas cuantas amigas cristalógrafas que necesitan usar coot debido a su integración con programas para evaluar y refinar los resultados experimentales obtenidos (por ejemplo, CCP4). Eso sí, cuando ya han terminado de evaluar y refinar, y tienen que generar algo vistoso, usan PyMol.
A mi me encanta esta diversidad. Según al parte del trabajo en la que me encuentre, uso un programa u otro. Mi campo es la RMN de proteínas, así que el flujo de trabajo es más o menos el siguiente:
– Análisis de espectros: si tengo una estructura con la que comparar, uso rasmol (por sencillo) y molmol (por las herramientas pensadas para RMN).
– Cáclulo de estructuras: VMD-Xplor (para ir viendo las dinámicas) y molmol (para refinar asignación).
– Análisis de la estructura: Pymol, por su facilidad y múltiples posibilidades.
– Publicación: UCSF Chimera, porque me encantan las figuritas que hace.