Much@s de vosotr@s conocereis casos de personas que cambian radicalmente de trabajo o de estilo de vida. Gente que antes trabajaba para la empresa privada entra en el mundo de investigación (algun@s de mis compañer@s), gente del mundo de la investigación decide abandonarlo todo y se pone a viajar por todo el mundo (¿por dónde andarás, Josetxu?), etc.. En el número de este mes de la revista The Scientist aparece una entrevista a Sean Eddy, creador de HMMer.
Dentro de la entrevista me llamó la atención que era un adicto de un viejo videojuego llamado Empire, y que para él creó gran cantidad de rutinas para automatizar la mayor parte de las operaciones económicas y militares. Según él, casi todo lo aprendido al programar estas rutinas lo recicló para sus programas de alineamiento de secuencias y plegamiento de RNA.


HMMer es el software de Sean Eddy más conocido, por ser el estándar de facto en bioinformática para la búsqueda de motivos en secuencia, y usa para ello por dentro modelos de Markov ocultos. La base de datos PFam, que está compuesta por todos los motivos conocidos de proteína, así como de un nutrido grupo de motivos identificados por medios puramente computacionales o todavía no confirmados, se construye gracias al esfuerzo de sus curadores, pero también gracias a uno de los programas de HMMer, que a partir de los fragmentos representativos de secuencias que describen un motivo genera los perfiles HMM usados posteriormente para las búsquedas.

En cualquier caso, os recomiendo el artículo (enlace al artículo), que es mucho más extenso que las pocas líneas que he comentado aquí. ¡Qué cantidad de vueltas da la vida! L@s más caraduras ya le podreis decir a vuestr@ jef@ que estais jugando en el trabajo para perfeccionar un algoritmo revolucionario...