Cambios del formato y base de datos PDB: 3.1
El verano es esa época del año en la que estás a punto de irte de vacaciones ¡y te llega una «sorpresa» que te las atraganta! Para que este año no desmerezca con respecto a los anteriores, la sorpresa viene del lado de la base de datos PDB (Protein Data Bank). La evolución de los métodos experimentales, el conocimiento funcionalde las proteínas, y los métodos usados para procesar PDB ha hecho quecada vez haya más inconsistencias en esta base de datos. El proyectowwPDB ha curado, limpiado, uniformizado y estandarizado el contenido detodos los ficheros de la base de datos PDB. El 1 de Agosto se va a hacer público el archivo Remediated PDB, que además de contener esta información curada, introducirá cambios en el formato PDB.
Como muchos usuarios de PDB sabrán, el formato de los ficheros en la base de datos PDB ha ido evolucionando con el paso del tiempo. En 1971 nació PDB en Brookhaven National Laboratory, conteniendo 7 estructuras. Los ficheros que contenían esas estructuras debían ser fácilmente manipulables por cualquier editor de la época, y procesables por programas en ordenadores de la época. Por ello desde entonces el formato nativo de PDB es textual, con los campos alineados en posiciones muy concretas de las líneas del fichero. Desde entonces, los distintos administradores que ha tenido la base de datos PDB han cambiado este formato sólo lo imprescindible, intentando mantener la compatibilidad hacia atrás.
Sin embargo, Remediated PDB romperá esa tendencia. Con esta release se inaugura el nuevo formato PDB v3, que introduce ciertas incompatibilidades con los formatos anteriores. ¿Esto qué significa? Que si teneis instalados programas como Rasmol, JMol o PyMol, no funcionarán con ficheros en este nuevo formato si son versiones antiguas. Por eso ha habido un esfuerzo de colaboración entre los gestores de wwPDB y los principales programas de visualización de estructuras, de forma que ya hay disponibles nuevas versiones.
Yendo más allá, muchos otros programas que trabajan con el formato PDB, como los de modelado por homología, también fallarán al intentar procesar ficheros en formato PDB v3. En cualquier caso, no es necesario que cunda el pánico todavía, porque los gestores de la base de datos PDB se han comprometido a mantener simultáneamente durante un tiempo la información en los formatos PDB pre (v2.3) y post (v3.1) remediation. Lo que no sé es cuánto tiempo habrá disponible para realizar la adaptación de vuestros programas para que entiendan el nuevo formato.
Para aquell@s de vosotros que enviéis nuevas estructuras a PDB en formato v2.3, muy posiblemente refinadas mediante programas, no habrá problema. No será necesario que cambieis nis las librerías ni vuestros programas de refinado de estructuras. Para ello, wwPDB se ha comprometido a realizar la conversión a la nueva nomenclatura de PDB v3.
Por último, ¡»gracias» Gonzalo! Sin Gonzalo López, no me habría enterado de este cambio radical hasta después de las vacaciones.
Referencias: