Hace un par de días Ángelo escribió pidiendo consejo para abordar un trabajo de investigación que tiene que realizar, paralelo al trabajo de tesis de otras personas. Consiste en identificar una cepa de E.coli (Enterohemorragica) O157: H7 a nivel de genes: el gen que sintetiza la toxina Shiga causante de este mal. Básicamente ha convencido al profesor que coordina esas tesis para realizar de forma paralela la misma tarea conceptual, pero mediante herramientas bioinformáticas (biología in silico), o bien apoyar con su trabajo el trabajo experimental. Aquí os incluyo el mensaje completo, para que opineis sobre qué debería hacer:


Hola Jose Maria, ¿cómo estás? Al mucho tiempo que me vuelvo a comunicar contigo, ahora con una pequeña solicitud hacia tu experiencia. Conversé con un profesor de la facu que está trabajando con unos tesistas en el area de microbiología, le convencí de realizar un trabajo paralelo al de ellos pero con herramientas y metodologías de bioinformática (siendo generales). Debido a que el profesor me conoce de mucho antes me aceptó, y con los argumentos presentados de mi parte más aún. Aunque para mí es una aventura muy interesante, del todo no estoy muy solido en cuanto a muchos conocimientos. El trabajo será (tesis) el de identificar una cepa de E.coli (Enterohemorragica) O157: H7 a nivel de genes: el gen que sintetiza la toxina Shiga causante de este mal. Bueno eso es lo que tengo de informacion despues de una charla entre los chicos, el asesor y mi persona.

Queda pendiente que me pasen más información al respecto. De mi parte sería, trabajar a nivel de genoma, para luego identificar la zona de intervención de los primers; determinar si el gen sintetiza otras proteínas; determinar la secuencia de la proteínas (Shiga I y Shiga II), y las demás interacciones que tienen estas proteínas. Estuve andando en busca de información en NCBI: encontré muchas cosas, pero ante tanta avalancha de información me desoriento aún. La pregunta es que si has tenido alguna actividad en tu labor de bioinformático que se parezca a ésta que te planteo. Espero no haberte aburrido :P Gracias por tu tiempo, y a la espera de tu respuesta. Que tengas buen día.

Personalmente pienso que antes de buscar más información, te plantees bien el plan de trabajo, de forma que no "mueras ahogado" bajo toda la información biológica relacionada. Determina bien cada uno de los pasos, qué piensas que vas a obtener, qué harás si encuentras o no lo que buscas, etc... Por ejemplo, podrías empezar por leerte algunos de los principales artículos sobre las proteínas que has mencionado, y buscar luego artículos que relacionen esas proteínas con otras; buscar las rutas metabólicas en las que intervienen para encontrar posibles culpables por asociación; buscar en la base de datos de enfermedades OMIM; buscar en las bases de datos de interacciones, hacer alineamientos, buscar motivos, etc...

Bueno, no he tenido la suerte de realizar un trabajo de investigación y análisis como el que va a hacer Ángelo, así que ¡seguro que hay vari@s bioinformátic@s de pro que te aconsejarán mucho mejor que yo!