Cuando asisto a congresos y reuniones relacionadas con la
bioinformática, pocas veces tengo la oportunidad de encontrar charlas tan interesantes y bonitas como la que impartió Federico Abascal en las
JdB2006, titulada
'Unravelling a new genetic code in the mitochondria of arthropods'. Hablando con él (y aprovechando que lo conozco desde hace mucho y que conoce el blog), le pedí que escribiera un resumen para publicarlo aquí. Os lo incluyo a continuación:
La presencia de estas "serinas" no encajaba desde un punto de vista evolutivo, ni podía explicarse por errores de secuenciación. Tras dejar el tema de lado durante unos días de pronto nos llegó la inspiración: "umm... quizás esas serinas no sean realmente serinas sino que puede que hayan sido traducidas (automáticamente a partir del ADN) usando un código genético erróneo". Y, efectivamente, vimos que todas esas serinas raras se correspondían con un mismo codón (AGG) y no con ninguno de los otros siete codones de serina.
Para comprobar si este modo de razonar era correcto (si el AGG aparece en sitios de lisina, entonces seguramente codifica serina), automatizamos la asignación de decenas de miles de codones. La precisión fue altísima. El método indicó que unos artrópodos traducían AGG como serina y otros como lisina. Lo esperable sería que un gran grupo de artrópodos (p.e. los crustáceos) tuviera uno de los códigos y otro grupo (p.e. insectos) el otro. Pero el resultado fue muy distinto: uno y otro código genético aparecían entremezclados en distintos grupos. Incluso en un mismo orden de insectos, en el de los hemípteros (pulgones, básicamente) observábamos que unas especies usaban un código y otras el otro. Esto indicaba que a lo largo de la historia de los artrópodos había habido múltiples cambios independientes, es decir, había habido evolución paralela.
El resto de la historia tiene que ver con la base molecular de estos cambios (mutaciones puntuales en los anticodones de tRNA-Lys y tRNA-Ser, dominancia de tRNA-Ser, poco uso del AGG...). Para los curiosos pueden encontrar más detalles en
Abascal et al, 2006, "Parallel Evolution of the Genetic Code in Arthropod Mitochondrial Genomes" PLoS Biology 4(5):e127.
¡¡¡Muchas Gracias, Fede!!! ¡¡¡Ésto
sí que es bioinformática aplicada!!!