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lunes, 05 de junio de 2006

Dentro de un par de días se va a celebrar en el Pabellón Carmen Martín Gaite de la 65ª edición de la Feria del Libro de Madrid una mesa redonda sobre los weblogs académicos de madri+d, a la cuál me han invitado a asistir. Lo primero que tengo que mencionar es que esta invitación que me han hecho es por la comunidad que se ha formado en torno al weblog de bioinformática, en definitiva, vosotros.


Con estos casi 9 meses de vida que tiene este blog hemos empezado a llamar la atención sobre esta amalgama de disciplinas científicas que es la Bioinformática. Pero sobre todo, estamos viendo que existe una comunidad de habla hispana en torno a la bioinformática, tanto dentro como fuera de España. Y por supuesto, que con esfuerzo podemos reforzar la presencia de contenidos y recursos afines a la bioinformática, tanto en nuestra lengua como en inglés (ya conoceis el dicho, "a falta de pan, buenas son tortas").

En cualquier caso, el jueves intentaré representar y dar a conocer esta comunidad creciente en la mesa redonda que se va a celebrar. Además, por si algun@ está por Madrid ese día, tiene tiempo y quiere pasarse por allí a dar su opinión (o simplemente a saludar, ¡que siempre se agradece!), aquí os mando la información para llegar:

Lugar: Pabellón Carmen Martín Gaite, 65ª edición de la Feria del Libro de Madrid.

Fecha: Jueves, 8 de Junio de 2006.

Hora: 18:00.

Enlace: Póster de madri+d en la Feria del Libro de Madrid.

18:34 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (1)

Muchas veces, trabajando en nuestro nicho dentro de la bioinformática, nos olvidamos de herramientas que son útiles sólo a un sector muy concreto de usuarios, como es el caso de las herramientas relacionadas con compuestos químicos y pequeñas moléculas. Al intentar aplicar la bioinformática a problemas de la vida real (por ejemplo, biorremediación y biodegradación) nos encontramos con que las herramientas típicas sólo se pueden usar de forma limitada.

En el caso de los compuestos químicos y las pequeñas moléculas podemos encontrar en la red unos cuantos sitios interesantes que precisamente se dedican a proporcionar servicios de búsqueda sobre esto compuestos y moléculas. Esta información de por sí está bastante extendida, pero el valor añadido está en que los buscadores que la suministran también dan información acerca de las rutas metabólicas clasificadas que son capaces de degradar esos compuestos, y qué organismos (muchas veces, bacterias) poseen dichas rutas metabólicas en su metabolismo.

Toda esta noticia comenzó cuando compañeros del grupo donde trabajo me pasaron el enlace de QueryChem, un sitio web que proporciona servicios de búsqueda combinados por compuesto y por artículo relacionado. En ese momento empecé a indagar sobre este servicio, y descubrí que hay bastantes servicios básicos (no todos derivados de la bioinformática) relacionados con el tema:

  • ChemBank: Sitio web que recopila información obtenida a partir de experimentos con pequeñas moléculas, y que está enfocado a proporcionar herramientas que orienten en investigaciones tanto a nivel biológico como a nivel médico.
  • PubChem: Este servicio del NCBI (National Center for Biotechnology Information) proporciona información de las actividades biológicas de las pequeñas moléculas. El gran valor añadido de este servicio es que se encuentra integrado con el sistema de información Entrez del NCBI.
  • eMolecules (antes conocido como chmoogle): Buscador que permite buscar subestructuras y pequeñas moléculas tanto por nombre como por sustrato. Según el sitio web "¿estais preparados para la auténtica chemoinformática?" (siento el palabro).
  • ZINC: Una base de datos no comercial y de libre disposición que almacena información sobre compuestos comerciales disponibles para screening virtual.

Para el tema de biorremediación y biodegradación en bioinformática escribiré próximamente otro artículo, dado su peso específico.

18:09 | gestionado por José María Fernández González