Hace unos días me encontré en MozillaZine (el fanzine de Mozilla) que los colaboradores y lectores de MozillaZine habían creado hace un año un equipo de trabajo para Folding@Home, y que acababan de completar la espectacular cifra de ¡10 millones de unidades de trabajo! También hace un mes el weblog de 'La paradoja de San Petesburgo' mencionó el sistema Folding@Home en una entrada bastante interesante.


El principio en el que se basa el sistema Folding@Home es similar al de Seti@Home: el problema a resolver es ingente, ya sea por el tiempo de CPU o la memoria que necesita, y al mismo tiempo es particionable de una u otra manera en paquetes o unidades de trabajo computables en un ordenador medio. Desde el proyecto en cuestión se establece un servidor que coordina la marcha de los trabajos, planificando la ejecución de los mismos. Cualquiera que quiere colaborar en la resolución del problema sólo tiene que descargarse un programa, que incluso puede funcionar como salvapantallas, y que irá procesando las unidades de trabajo que le proporcione el servidor central. Sin gente que quiera colaborar prestando ciclos de CPU estos proyectos no tendrían

Estos sistemas se han vuelto bastante populares desde que apareció la primera versión de Seti@Home. Actualmente hay software modular que permite montar fácilmente sistemas de este estilo, como por ejemplo el paquete BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing). Además, debido al éxito de Seti@Home, hay cada día más iniciativas en marcha relacionadas con la bioinformática, como por ejemplo Predictor@Home, que en lugar de intentar encontrar los plegamientos de las proteínas mediante simulaciones de dinámica molecular intenta predecirlos por otros medios.

Para l@s que no me conozcais en persona, llevo trabajando 7 años en el Protein Design Group, el grupo de investación de Alfonso Valencia en el Centro Nacional de Biotecnología, compuesto aproximadamente por 25 personas. Nuestro jefe estuvo negociando hace unos meses la marcha de todo el grupo de investigación al Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas. Dichas negociaciones llegaron a buen término, y como consecuencia de ello durante este último mes el blog ha estado más inactivo que de costumbre porque el grupo de investigación en el que trabajo está en pleno proceso de mudanza, con todo lo que ello implica.
Con un traslado de tal envergadura uno se plantea preguntas del tipo "¿Cómo se monta un grupo de investigación? ¿Qué infraestructura necesita?" En definitiva, la gran pregunta es "¿cuáles son los pasos necesarios a realizar para trasladar un grupo de bioinformática?"

Aunque durante estos meses he sido un espectador de excepción de todo el proceso, lo único que me ha quedado claro es que no existe un manual como tal, y que no lo habrá en mucho tiempo. En Noviembre del años pasado apareció en la revista The Scientist un artículo que explicaba en 10 pasos cómo trasladar un grupo de investigación en biología (lo siento, el artículo no está disponible de forma abierta ¡sigh!). Obviamente, el artículo no era la panacea universal, y sólo exponía líneas muy generales en esos 10 pasos, algunos de ellos inaplicables a la bioinformática al referirse al traslado de animales de laboratorio.

Personalmente pienso que la parte burocrática es la más complicada, al afectar a los proyectos de investigación. Cuando un grupo de investigación se traslada de una institución a otra, puede ocurrir perfectamente que parte de sus proyectos no se puedan transferir cuando uno quiera debido a justificaciones pendientes, o que simplemente no valga la pena transferirlos porque se van a acabar en breve. Para darle más emoción al asunto, la transferencia de los contratos y becas asociados a proyecto está totalmente ligada a la transferencia de sus proyectos financiadores, con lo que puede suceder que parte de los integrantes del grupo de investigación sigan trabajando en un centro y parte en el otro.

Al ser bioinformáticos, dependemos totalmente de nuestros ordenadores y programas para realizar nuestro trabajo. Por tanto, un punto que no se puede descuidar es la infraestructura informática. Siempre surge la pregunta: si un grupo se muda ¿vale la pena replicar la infraestructura de computación ya existente? La respuesta es difícil de contestar, porque depende de los problemas y ventajas de la infraestructura existente. En cualquier caso, siempre hay que pensar con miras al futuro, para evitar problemas futuros por el crecimiento del grupo de investigación. No os quiero aburrir con detalles, pero hay que sopesar si el ancho de banda de la red es suficiente para nuestras necesidades (por la descarga periódica de bases de datos), si la infraestructura eléctrica está preparada para tanto ordenador junto, si las salas con los ordenadores están lo suficientemente ventiladas, qué sistemas de copia de seguridad hay que emplear (los típico backup) etc ... ¡Incluso hay que considerar si vale la pena trasladar los ordenadores antiguos, o bien comprar ordenadores nuevos!

Volviendo a la realidad, hace unos días estuve haciendo limpieza de papeles y empaquetando aquello que me quería llevar. En mi caso, esta mudanza ha sido el mejor momento para deshacerme de los manuales obsoletos y de muchos papeles inservibles. De la misma manera, estuve haciendo limpieza a nivel de mis ficheros, borrando lo inservible o fácilmente regenerable, y haciendo copia de seguridad de todos los programas y de los resultados que son difíciles de recalcular (¡porque simplemente lleva meses obtenerlos de nuevo!). Recordad la ley de nuestro viejo amigo Murphy: "si algo puede ir mal, irá mal", así que ¡haced copias de seguridad!

Bueno, aprovechando las vacaciones de Semana Santa intentaré publicar un par de noticias que tengo en el tintero. Y como siempre, si teneis alguna y quereis que aparezca en el blog, ¡no dudeis en enviármela!

José María Fernández González

Hola, soy Jesús Armand (calejero.blogspot.com). Llevo un par de semanas viendo que no hay mucho movimiento por tu blog.

Te comentaré que ya estamos trabajando en el portal sobre bioinformática. Ya tenemos nombre "Portal hispano de bioinformática". Lo estamos desarrollando con Joomla. También estamos diseñando en logotipo. Hay una propuesta (mía) en mi blog. Por ahora nadie más a mandado ninguna más.

Bueno, te quería preguntar si conocías de algún curso online sobre bioética y biotecnología, o similiar. Y, también, qué opinas tú sobre la bioética.

He realizado una entrada en mi blog hablando sobre bioética y me gustaría conocer más del tema.

Un saludo.

Jesús Armand
Como habreis leído arriba, el mensaje de Jesús Armand trata sobre la bioética, y la entrada en su blog es un buen comienzo para aquell@s interesad@s en el tema. Desde hace tiempo me llevo planteando la pregunta, "el desarrollo de algún programa bioinformático ¿puede afectar a mis principios éticos?". Uno está tentado a pensar que no debido a que trabajamos sólo con datos, y probablemente es cierto a día de hoy y lo será por muchos años.
Sin embargo, tomemos como hipótesis irreal que en un futuro relativamente cercano determinadas técnicas para trabajar con células madre sólo puedan llevarse a cabo tras haber realizado una serie de análisis bioinformáticos. Esos análisis bioinformáticos estarían basados en programas, creados por bioinformáticos en su gran mayoría, y como todo programa en general, con fallos de diseño ocultos. Encontrar los fallos en los programas significa emplear datos de entrada para validar tanto casos positivos como negativos. Por tanto, en este hipotético escenario que he planteado aquí sí cabría la posibilidad de que los principios éticos del bioinformático de turno se vieran afectados por el desarrollo y depuración de los programas que se estén empleando para los análisis bioinformáticos.
Hoy en día, un uso adecuado de nuestras herramientas puede significar en algunos casos que un investigador que las sepa usar realice sólo dos experimentos en lugar de diez, pudiendo evitar realizar algunos que podrían afectar a su ética. Obviamente, no hay desarrollos bioinformáticos para cualquier tipo de experimento, y muchos investigadores de laboratorio no conocen o no tienen acceso a los desarrollos existentes. Por eso es importante el trabajo que realizamos creando, evaluando e integrando herramientas, divulgando la existencia de las mismas, creando manuales de uso y sitios web, etc... Todo nuestro trabajo, por insignificante que sea, puede ser la piedra angular necesaria para catapultar el desarrollo de una investigación, tenga o no implicaciones éticas.

Si con nuestros desarrollos en la bioinformática se evita que en una investigación de cáncer se pase de usar 100 ratones a usar 10, o se disminuya el número de experimentos con células madre embrionarias, entonces quedan plenamente justificados.