Martin, un compañero de trabajo de origen austriaco, ha realizado el siguiente hallazgo:

He encontrado un curso en video (multimedial) online de bioinformática.
Esta bien hecho. Tiene todas las clases grabadas en video disponibles
online (pero está en alemán)

He deducido de la página del curso (con mis pobres conocimientos del alemán) que es de matemáticas, cálculo numérico y teoría de la probabilidad para informátic@s y bioinformátic@s. La URL es http://min.informatik.uni-tuebingen.de/min_film_film_index.html. Para aquell@s que domineis el alemán (obviamente yo no), supongo que será de provecho.

Hace ya tiempo que los responsables de PDB proporcionaban de forma experimental el contenido de su base de datos en XML, en el denominado formato PDBML. Sin embargo, hasta hace poco no han considerado que estuviera lo suficiente maduro su sistema de consolidación de datos, por  lo que usaban el servidor de proyectos beta de PDB para ello. Hoy en día todas las estructuras almacenadas en PDB se encuentran publicadas en XML en el servidor FTP oficial de PDB, usando tres variantes del formato PDBML: formato completo, formato sin la definición de los átomos y formato con la definición de los átomos compactada.

El esquema del formato PDBML es una traducción directa y automatizada del formato mmCIF (macromolecular Crystallographic Information File), lo que asegura la coherencia y equivalencia de los datos almacenados en ambos formatos.

Acabo de descubrir que los responsables de PDB van a empezar a proporcionar anualmente copias congeladas en el tiempo de su base de datos. El sitio FTP donde se almacenan esas copias es: ftp://snapshots.rcsb.org/. Actualmente están disponibles dos copias, correspondientes al 6 de Enero de 2005 y 3 de Enero de 2006, y sirven como referencia estable a tod@s aquell@s que trabajeis con estructuras de proteínas. Por ejemplo, a partir de ahora será más fácil saber cuándo un nuevo programa de predicción de estructura tridimensional basado en threading es mejor que uno más antiguo, debido a la existencia de un conjunto de referencia estable, o si una red neuronal de reconocimento de sitios de unión sesga demasiado sus resultados para estructuras no existentes cuando fue entrenada.

Los responsables de UniProt también mantienen copias históricas, aunque con una frecuencia mayor que PDB. El sitio FTP es ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/previous_major_releases/.

En definitiva, una buena iniciativa.

Hace unos días salió publicado en el diario La Vanguardia el artículo "El país del talento desperdiciado", y a su vez, en el listado de notas de prensa relacionadas con el CSIC. ¿De qué trata el artículo? De algo que ya conocemos de sobra: que España es una cantera de científicos de un nivel excepcional. Una vez formados, por falta de oportunidades nuestros científicos se van a "pasos más verdes", a países donde tengan más posibilidades y medios para proseguir con sus respectivas líneas de desarrollo. Además, a esto se añade la precariedad laboral y salarial ("no sólo de pan vive el hombre"). Es algo inaudito que un país como España, que dedica tantos recursos a la formación de futuros científicos, tenga un nivel tan bajo de inversión en ciencia y tan pocos incentivos a la investigación en empresas.

Sí, es cierto que existen programas para la "repesca" de unos pocos cerebros, como el Ramón y Cajal, pero es triste que nos tengamos que ir de España para que nos valoren por nuestra valía, y tampoco soluciona el tema de la precariedad. Algunos critican el sistema de investigación pública en España, argumentando que es demasiado rígido, y tal vez sea cierto en parte. En el weblog "Universo" de Madri+d apareció hace un par de días la referencia a una noticia que me dejó cuajado: "La UE se plantea recurrir a las donaciones particulares para aumentar la inversión en I+D". En breves palabras, esta noticia quiere decir que los políticos de la UE desconocen o subestiman la importancia del I+D propio, que es lo que a medio y largo plazo genera riqueza. Por otro lado, la noticia parece indicar que nuestros políticos directamente no quieren dedicar el esfuerzo necesario para rehacer presupuestos y aumentar la inversión en ciencia en los próximos años, y tiran la toalla.

Yo todavía me sigo preguntando cómo es posible que la calidad científica en España se siga manteniendo tan alta con tan pocos medios y apoyos...

David González Pisano me indicó que en NodalPoint.org había aparecido la noticia de la remodelación del sitio web de BioPerl. Alguno se preguntará, "bueno, vale, ¿y qué? Solo han cambiado las páginas, ¿no?". La importancia de esto es que el nuevo sitio web está más orientado a los desarrolladores. Ha sido montado mediante MediaWiki, el mismo software que usa por debajo Wikipedia, con lo cuál el sitio de BioPerl adquiere inmediatamente todas sus virtudes: búsqueda de artículos; creación de artículos organizados por categorías con enlaces a otros existentes; posibilidad de añadir opiniones (pestaña Discuss); control de versiones y posibilidad de ver versiones anteriores de los artículos; etc...

Además, el nuevo sitio de BioPerl ahora tiene un blog de noticias donde los usuarios de BioPerl pueden exponer sus problemas a la hora de usar BioPerl, discutir nuevas características que debería tener, o llamar la atención sobre un posible fallo en la API, por ejemplo. Los blogs relacionados con proyectos de este tipo son la evolución natural de las listas de news a las que uno se suscribía hace unos años, y ahora es cuando se está produciendo la migración.

BioPerl, sus primos BioJava y BioPython, y otros proyectos bioinformáticos (por ejemplo BioMOBY) están empezando a ser hospedados por Open Bioinformatics Foundation, beneficiándose de MediaWiki, WordPress o lo que necesiten. Tanto BioPerl como BioMOBY ya han migrado por completo, mientras que en otros casos esa migración está en curso. Es el caso de BioJava, que tiene su web tradicional, http://www.biojava.org/ y su nueva web http://biojava.open-bio.org/.