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miércoles, 01 de febrero de 2006

Jaime Fernández Vera, que actualmente está terminando de realizar las prácticas del Máster en Bioinformática de la UCM, nos escribió a Jesús Calejero (y de rebote a mí), para contarnos que está realizando el desarrollo de un widget bioinformático interesante para el DashBoard de Mac OS X.

Ana Viñuela me ha informado de la reciente creación de este blog y me parece una excelente idea. ¡Enhorabuena!  :) Además quería presentar a todos los lectores de tu web una aplicación que he creado como parte de las prácticas del máster de bioinformática de la UCM.

Se trata de ProteinGlimpse 1.2, un widget gratuito permite recuperar y mostrar en tres dimensiones, no sólo aquellas macromoléculas contenidas en la base de datos RCSB PDB, sino también, las moléculas -cuyos archivos con la información estructural necesaria- sean reconocidas por Jmol. Para ello únicamente se deberá arrastrar y soltar el fichero sobre el widget.

Esta aplicación del Dashboard utiliza el applet de Jmol como motor de visualización. Además se ha implementado en esta versión una nueva forma de visualización llamada balls and sticks y se ha mejorado enormemente el interfaz gráfico gracias a la inestimable colaboración de Daniel Gasco Rodríguez y ha sido desarrollada por Jaime Fernández Vera.

Los requisitos de sistema son:
  • Mac OS X Tiger (10.4x ) o superior
  • Y, para poder bajarse las macromoléculas de la base de datos RCSB PDB, conexión a Internet.
La URL de descarga es http://homepage.mac.com/eludens/download/ProteinGlimpse1_2.wdgt.zip

Personalmente, tengo que "agenciarme" un Mac para probarlo y poder opinar personalmente.

P.D.: Aunque nunca lo haya mencionado, si quereis en algún momento darle difusión a algún programa o servidor de bioinformática que hayais desarrollado, sólo teneis que poneros en contacto con cualquiera de los responsables de los weblogs de bioinformática (¡es buena la democracia!).

2:44 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (3)

Hace unos 20 días Jesús Armand Calejero, el responsable del weblog de bioinformática La paradoja de San Petersburgo, mandó una propuesta a varias personas (entre ellas yo, que por falta de tiempo no contesté :-(, ¡mea culpa!) relacionada con la creación de un gran portal donde pudieran relacionarse y comunicarse tod@s aquell@s relacionad@s con la bioinformática, sin importar la carrera de origen (aquí está la noticia original).

Hoy de rebote, me llegaron un par de correos felicitando la iniciativa (evidentemente iban dirigidos a Jesús). Eso me descubrió que la Bioinformática se está moviendo en el ciberespacio, y lo mejor de todo, se está "autoorganizando" (un bonito tema el de los sistemas autoorganizativos, por cierto). Sí, es cierto que son las personas las que producen esa organización, pero lo más importante es que es una coordinación bien recibida y que no es una organización obligada desde un punto.

Hoy mismo Jesús ha publicado en su blog la evolución de su propuesta, que puede culminar en la creación de una lista de correo. Personalmente pienso que es mejor un foro web, porque listas de correo de bioinformática ya existen, y pueden cerrar las puertas a gente que quiera participar (además que no es tan visible). Un paso real puede ser crear un "anillo" de recursos de bioinformática, que enlace por ejemplo todos los weblogs entre sí (hay bastante documentación) y que además permita enlazar a/desde un Wiki de bioinformática en español (recordad que ya existe un wiki en inglés: http://wikiomics.org/).

Por mi parte, el otro día estuve en una reunión de madri+d con los administradores del sistema de weblogs, en la que se participaron casi todos los autores/gestores de los weblogs de madri+d. Todos los asistentes, incluídos los administradores, estuvieron de acuerdo en que había que dinamizar el sistema de publicación en los blogs, de forma que fuera más sencillo para alguien de fuera proponer una noticia.

La bioinformática en español se mueve, luego existe...

2:15 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (9)