La Bioinformática y los Sistemas Operativos (II): EMBnet LiveCD

Continuando con la serie de artículos sobre la Bioinformática en su vertiente más ‘cacharrera’, me he encontrado con que EMBnet genera periódicamente un DVD con un sistema Linux completo. Dicho DVD contiene el software más usado en bioinformática (en todas sus vertientes), preinstalado en el mismo. Lo mejor de todo es que el DVD es Live, lo que permite que puedas usarlo sin necesidad de instalar nada en tu ordenador. La noticia me llegó a través de un correo del reponsable del nodo EMBnet en España, J.R. Valverde:

Hola a todos,

 está disponible una nueva versión del DVD 'en vivo' de EMBnet. Quien
desée una copia puede solicitarla (bajando un DVD virgen) en el servicio de
Informática Científica, EMBnet/CNB.

 Para usuarios externos, hay una copia disponible en nuestro servidor
WWW y FTP:

 ftp://ftp.es.embnet.org/pub/EMBnet/LiveDVD/
 http://www.es.embnet.org/Services/ftp/EMBnet/LiveDVD/

 El DVD 'en vivo' de EMBnet está disponible solamente para trabajar con
ordenadores PC. Contiene un sistema operativo Linux y una multitud de programas
tanto científicos como de oficina.

 Para usarlo basta arrancar el ordenador con el DVD dentro. Al hacerlo
inicia un sistema Linux (independientemente de lo que contenga nuestro PC),
reconoce las particiones de Windows y da acceso a las mismas, y proporciona 
acceso a una gran variedad de herramientas configuradas para trabajar 
directamente que incluyen

 - análisis de secuencias (EMBOSS...)
 - análisis de estructura molecular (TINKER, Gromacs, SPDBV...)
 - análisis de imagen y geles (ImageJ, GIM...)
 - análisis químico (MPQC, PSI3, Ghemical...)
 - matemáticas (R, MuPAD, SciLab...)
 - software de ofimática (OpenOffice, Ximian Office...)
 - servidor Web integrado con portal de trabajo en grupo
 - software de videoconferencia

y mucho más.

 El DVD 'en vivo' de EMBnet será la herramienta base que usaremos en los
próximos cursos de informática científica.

 Muchas de estas herramientas están disponibles también para Mac. Si
necesitáis información, consultad con el servicio de Informática Científica
EMBnet/CNB.

    Me lo acabo de descargar para probarlo, y nada más arrancar con él me he encontrado con una agradable sorpresa: ¡está basado en Gentoo! Nada más arrancar, pregunta el kernel que queremos usar. Si teneis problemas con los gráficos al arrancar, os recomiendo que useis ‘gentoo-nofb’, y en caso contrario, ‘gentoo’. En ese momento se inicia el proceso de puesta en marcha del LiveDVD, que consiste en reconocer todos los dispositivos del sistema, autoconfigurar la red y el sonido. A partir de ese instante empieza a arrancar un sistema completo: mysql (bases de datos), apache2 (servidor web), cups (servidor de impresión), entorno gráfico, etc…

    He de reconocer que para probarlo lo he sometido a condiciones extremas, porque he usado una máquina virtual creada con qemu para evitar quemar el DVD en cuestión. La máquina virtual era equivalente a un Pentium II con 1.2GHz y 128MB de memoria, y aunque el arranque ha sido muy lento (principalmente por las limitaciones que le he impuesto) ¡ha superado la prueba! Obviamente recomiendo usar un ordenador real, y que dicho ordenador tenga como mínimo 256MB o 512MB de memoria. El principal inconveniente de este LiveDVD es que sólo funciona en los PCs (ya sea con procesadores Intel o AMD), con lo que los usuarios actuales de ordenadores Apple (o arquitecturas más exóticas) quedan fuera.

    En definitiva, si teneis miedo a que vuestro ordenador deje de funcionar al instalar Linux y sois usuarios esporádicos de programas bioinformáticos, este LiveDVD puede ser la solución para vosotros, al ser una de las soluciones menos invasivas.

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9 comentarios

  1. hola a todos,

    la verdad es que este tipo de esfuerzos se agradece una barbaridad entre la gente que nos dedicamos a la bioinformática y, como bien referís en el artículo, usamos alguna herramienta en Linux esporádicamente. mis opciones hasta ahora han sido Cygwin, cualquier distribución Linux sobre una máquina virtual o incluso conexión a máquinas remotas con Linux instalado, pero siempre hubiera querido tener un LiveCD (en este caso un LiveDVD) con las herramientas necesarias para trabajar.

    creo que esto se adecúa a muchos perfiles de bioinformáticos que pululamos por el mundo, así que personalmente agradezco en su nombre tal iniciativa. sólo queda probarlo y rematar la buena noticia.

    un saludo,

    lechu.

  2. Bueno, cuando probé dicha distribución arrancaba sin problemas. El principal "problema" para no haberlo probado más extensivamente es que ya de por sí tengo una distribución Linux afinada para mis necesidades, y que buena parte de las herramientas que tengo que usar son más "informáticas" que "bio".

    Considero que no soy el usuario al que está dirigida la distribución. Eso sí, la misma me parece muy bien montada, y el blog está abierto a que cualquiera que la quiera probar de verdad (vamos, las herramientas bioinformáticas). ¿Opiniones a favor, en contra?

  3. Yo hasta ahora usaba otro liveCD: Vigyaan.

    Este me parece mucho mas ajustado para bioinformáticos. Interesante y con una buena combinación de software.

    Me ha encantado lo de el ‘qemu’. 🙂

  4. Hola amigos soy biologo y requiero de softwars bioinformaticos, a ver si me pueden ayudar a conseguirlo, gracias

  5. Bueno, depende de lo que necesites. Si buscas software ya establecido, como NCBI Blast, HMMer, CD-HIT, ClustalW, JMol , RasMol, PyMol, SwissPDBViewer, etc… y eres usuario de Linux, muy posiblemente el programa que busques estará disponible como paquete para tu distribución. Casi todas estas aplicaciones estándar también están disponibles para Mac OS X y Windows, pero tendrás que buscarlas en la red, y algunas de ellas (como NCBI Blast) no poseen interfaz gráfico.

  6. que son : planillas electrónicas, procesadores de texto, paquetes estadísticos ???. Si alguien puede darme ejemplos, definiciones o lo que sea por favor escribanme. Gracias:)

  7. hola soy estudiante de doctorado en ciencias de una universidad chilena, lei tu posteo en el blog y creí haber dado con la solución a mis problemas al encontrar una distro linux científica. Sin embargo no he logrado descargar el live cd y te escribo para solicitarte un link actualizado o algun servidor donde poder descargarlo. desde ya muchas gracias.

    atentamente César

  8. Voy a preguntarle a J.R. Valverde sí está disponible en otra URL el DVD, porque no he sido capaz de encontrar con Google una versión más nueva del mismo.

  9. Ya ha restablecido JR los contenidos en el servidor FTP de EMBnet, y el enlace HTTP también se restablecerá en breve.

    La historia detrás de esta "desaparción" es que los punterios al contenido del directorio FTP y HTTP se perdió en un fallo hardware grave. Los contenidos como tal no se perdieron, pero sí la estructura de directorios…

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