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miércoles, 16 de noviembre de 2005

Hoy me he quedado gratamente sorprendido con un artículo de divulgación científica que ha sido publicado en "El País", y que he leído gracias a que se ha fijado en él mi compañero de trabajo Txema. Este artículo trata sobre el transcriptoma, el descubrimiento de que mucho más ADN se transcribe a ARN que el ARN que se traduce a proteína (lo que quiere decir que estamos bastante lejos de tener el transcriptoma), y las opiniones y discusión de Tom Gingeras, Ewan Birney y Alfonso Valencia sobre el tema.

A diferencia de otros artículos de divulgación científica, según mi opinión éste supera la media, aunque para ahondar más, como siempre, es mejor remitirse a la publicación científica de turno.

Enlace al artículo "El genoma humano induce a replantear el concepto de gen" publicado en El País


20:48 | gestionado por José María Fernández González

Mañana empieza en Zaragoza el V Congreso Nacional de Informática y Farmacia. Según la persona con la que hables, la farmacogenómica forma parte de las subramas de la bioinformática, o bien está relacionada con la bioinformática pero tiene objetivos distintos. En cierta medida, cada afirmación es verdadera, aunque prefiero esta última. Normalmente la bioinformática está enfocada al estudio y modelado de proteínas, interacciones de proteínas y sistemas más complejos, mientras que farmacogenómica está enfocada al descubrimiento, estudio y modelado de pequeña moléculas, y su influencia sobre el organismo en cuestión.

Detrás de la farmacogenómica hay muchos intereses comerciales, principalmente por parte de las farmacéuticas. Antiguamente se intentaba buscar la cura para una determinada patología tanto en medicina, farmacéutica, biología, etc... Las empresas farmacéuticas actuales están más interesadas en encontrar nuevas moléculas, y ver para qué pueden servir. Este congreso puede ser una oportunidad para conocer ese mundo no tan conocido de la farmacogenómica.

Fuente: José Manuel Gimeno, con la noticia en "La Flecha"


5:56 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (5)

Como he dicho en la noticia anterior, ¡hoy es el día de las colaboraciones! José Manuel Gimeno, periodista de La Flecha, me ha proporcionado el enlace a una noticia sobre el uso de DNA arrays para la detección de mutaciones del virus H5N1 en 11 horas desde la toma de la muestra. La tecnología de los biochips es bastante genérica, y está siendo usada actualmente en muchos centros de investigación básica a lo largo del mundo, como es el caso del CNB o el CNIO (actualmente se están diseñando en el CNIO nuevos biochips relacionados con cáncer, además de los ya disponibles).

La parte más difícil a la hora de diseñar cualquier biochip es encontrar los patrones de expresión adecuados que permitan identificar con una tasa de error baja la condición deseada (cánceres de varios tipos, resistencia a determinados fármacos, mutaciones en virus, ...), y aquí es donde normalmente interviene la bioinformática. He intentado encontrar qué técnicas han usado para el diseño del mismo, y siguiendo el hilo hasta la noticia original ¡no he encontrado nada! Es una lástima que la web de la Universidad de Colorado, que es la que publica la noticia original, no haya proporcionado más datos científicos sobre cómo lo han hecho (o un simple enlace), y estén más interesados en la publicidad. Por ejemplo, buscando en Internet he encontrado un artículo del año 2003~2004 (Use of the DNA Flow-Thru Chip, a Three-Dimensional Biochip, for Typing and Subtyping of Influenza Viruses) que describe perfectamente el diseño de un biochip para la clasificación y subclasificación de los distintos tipos de virus de la gripe.

Enlaces:


5:27 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (0)

Hoy parece ser uno de esos días en que todos os habeis puesto de acuerdo en contribuir para el blog (¡gracias!). Entre ellos, David González del INB se ha encontrado con lo siguiente:

Para tu blog:

Es interesante cómo en sólo un año, el MareNostrum ha caído desde el cuarto puesto hasta el noveno. Aún así, sigue siendo el mayor ordenador de Europa. Inquietante también la prevalencia de los BlueGene de IBM, que se van instalando en los primeros puestos de la lista poco a poco.

http://www.bio-itworld.com/newsitems/2005/nov2005/11-14-05-news-top500

MareNostrum es el supercomputador que está en Barcelona, y que fue construido gracias al interés por parte de IBM y el gobierno español. Buena parte del tiempo de cómputo de este supercomputador está dedicado a la bioinformática puntera en Europa (y sobre todo en España), y entre otros proyectos, está previsto en breve realizar en él simulaciones de dinámica molecular similares a las que os conté en una noticia anterior.

TOP500 es la lista de los supercomputadores públicos más rápidos del planeta (por ejemplo, no aparecen aquellos dedicados para usos militares). Básicamente, la impresión que me da tras leer el artículo y consultar la lista es que IBM se quiere quedar con el mercado de la supercomputación en todas sus áreas, incluída la bioinformática, lo cuál entraría en consonancia con su participación en la creación del procesador multinúcleo CELL (bastante conocido por ser el núcleo de la nueva PlayStation 3).

Enlace adicional: Página de IBM sobre el MareNostrum

4:44 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (3)

Seguro que tod@s nosotr@s conocemos bastantes términos usados en bioinformática que terminan en -omics: genomics, proteomics, etc... Pues bien, gracias a mi compañero de trabajo Txema he descubierto un híbrido entre Wikipedia y la bioinformática: Wikiomics.

Realizando una traducción libre de parte de su página principal, el objetivo de Wikiomics es:

Wkiomics es una colección abierta de explicaciones, enlaces y pistas de uso y comprensión de la bioinformática. El sitio web es un wiki, lo que quiere decir que cada un@ es libre de ampliarlo e incluso mejorarlo.
Wikiomics es una guía práctica, no una enciclopedia, a diferencia de Wikipedia, que ya contiene artículos muy elaborados en bioinformática. Es un lugar donde la gente comparte información sobre los últimos avances en bioinformática y los hace accesibles a un público más amplio mediante explicaciones de los mismos e indicaciones sobre dónde encontrar software relevante y artículos académicos.
Cada artículo de Wikiomics describe un problema biológico en particular y sus soluciones bioinformáticas, lo cuál hace qu se convierta en un recurso único para todos los biólogos y bioinformáticos.


A pesar de estar en sus comienzos e ir bastante lenta la conexión, el proyecto en sí es bastante interesante a nivel de difusión del conocimiento. Lo único que echo en falta con respecto a Wikipedia es la posibilidad de disponer de explicaciones en varios idiomas sobre los mismos términos bioinformáticos. Aunque de sobra hemos asumido que el idioma internacional de la bioinformática es el inglés, no tiene siempre por qué ser así. Así que, ¿alguien se anima a crear el equivalente en español?

Enlace: Wikiomics

4:20 | gestionado por José María Fernández González | Enviar comentario (0)