Durante esta semana y la que viene se celebra en Madrid la
V Semana de la Ciencia (un poco contradictorio que una semana de la ciencia dure dos), y con motivo de la misma se van a celebrar representaciones de teatro, charlas coloquio, mesas redondas y jornadas de puertas abiertas en los distintos centros de investigación y entidades que participen. Actualmente trabajo para el
CSIC en el
CNB, este centro de investigación va a tener el 15 de Noviembre su jornada de puertas abiertas para preuniversitarios (4 grupos de 10 chavales cada uno), y hace unas semanas me pidieron que impartiera la charla de Computación Científica y Bioinformática.
Pensando en qué contarle a los muchachos, surgió la reflexión que estoy escribiendo ahora. Hay una pregunta que todos los que trabajamos en ciencia podemos responder fácil o díficilmente, dependiendo de con quién estemos hablando, y es "en qué estamos trabajando". En mi caso, respuestas como "Soy Bioinformático" o "Trabajo en Bioinformática" pueden ser entendidas así:
a) | Es tu día de suerte, y saben lo que es a grosso modo la bioinformática (¡Dios existe!) | | b) | Caso reduccionista 1. Se olvidan del término Bio, y entonces se quedan con que eres informático. |
| c) | Caso reduccionista 2. Se piensan que eres un biólogo que "sabe" de informática. |
| d) | Caso típico. "Y eso... ¿qué es?"
|
¡Y aquí es donde comienza el problema! Muchas veces he explicado en qué consiste la bioinformática, y muchas de ellas les ha sonado a chino a quien se lo haya explicado. Ya os habreis dado cuenta que los casos anteriores no son excluyentes entre sí. Más de uno ha pasado por los casos b), c) y d) en una misma explicación. Todavía recuerdo que al poco de empezar a trabajar me tocaba hacer la defensa de mi Proyecto Fin de Carrera, y al hablar con mi director de proyecto y contarle que trabajaba en Bioinformática con bases de datos, me respondió algo así como:
"Vale, de acuerdo, esa es la explicación oficial, pero ahora dime, ¿estás haciendo de administrador de máquinas?"Expresándolo claramente ¡esa respuesta me jodió mucho en aquel momento! ¡Mi propio tutor estimó por una simple palabra que mi recién obtenido título no servía para nada! Al poco me di cuenta de que, simplemente, estaba trabajando en algo tan nuevo que apenas unos pocos en España sabían explicar qué es la Bioinformática. Desde entonces, como se dice vulgarmente, "ha llovido mucho", y con la secuenciación del genoma humano, la clonación de la oveja Dolly, y otros hitos, la gente, aunque no entiende o sabe qué es la biotecnología y la bioinformática, ya tiene la sensación de que trabajas en algo importante del mundo de la investigación. La última persona hasta la fecha que me ha preguntado sobre qué es la bioinformática ha sido el periodista de La Flecha que se puso en contacto conmigo, y que también me ha inspirado para escribir esta reflexión. Porque, ¿qué es la Bioinformática? En todos los años que llevo trabajando en esto todavía no he encontrado una respuesta corta que me satisfaga. En Wikipedia podemos encontrar una definición bastante concisa, pero algo sesgada.
Aunque la bioinformática es una rama de la ciencia que se puede considerar en sus comienzos, está repleta de áreas de investigación muy dispares en constante ebullición. Por ejemplo, anotación de la función de proteínas, predicción de estructura tridimensional de proteínas, predicción de interacciones, definición y anotación de dominios funcionales mediante HMM (Hidden Markov Models), análisis automatizado de textos científicos para la realización de inferencias, simulación de la dinámica de plegamiento de una proteína, simulaciones de dinámica molecular... Y así, un largo, largo etcétera. Por eso creo que el término bioinformática sólo lo puedo definir vagamente, algo muy parecido a "la informática al servicio de la biología y la biotecnología". Y por esa razón hay trabajando en bioinformática gente de disciplinas muy diversas: matemáticos, físicos, bioquímicos, ingenieros en informática, ingenieros en telecomunicación, algún lingüísta, biólogos (por supuesto), etc. En nuestro trabajo se suelen aplicar y usar muchos de los desarrollos originados en otras disciplinas, y lo más importante,
se trata de un trabajo colaborativo, en equipo.
Muchas de las herramientas que se desarrollan en bioinformática tienen como objetivo predecir propiedades físicas de sistemas biológicos o de alguno de sus elementos, ya sea a bajo nivel (estructura de una proteína, por ejemplo) o a un nivel mayor (inferencia de la influencia de una familia de proteínas sobre las rutas metabólicas de un organismo). Muchos de los algoritmos usados en bioinformática necesitan analizar volúmenes de datos del orden de decenas o cientos de gigabytes (10
9 bytes) para una sola entrada, ¡y normalmente pueden recibir miles de una sola tacada! Estos datos tienen su origen en información experimental recopilada de los distintos experimentos que realizan los biólogos en los distintos organismos, y el volumen de los mismos crece de forma exponencial (a un ritmo mayor que la ley de Moore) por la creciente automatización y ejecución masiva de muchos experimentos que antes sólo se podían hacer a mano, uno a uno. Sólo la Astronomía y la Física de Altas Energías generan un volumen datos mayor que la Bioinformática (y las Ciencias de la Vida en general).
Terminando de escribir esta reflexión me he puesto a pensar en el papel de la informática en la bioinformática, pero eso lo dejo para otro día. Para terminar, me viene a la mente la cara que puso la chica del Carrefour encargada de compras a plazos cuando compré un frigorífico, me preguntó dónde trabajaba, y le respondí "En el
CSIC" y le enseñé la nómina. ¡Se pensaba que era un espía del
CESID!