Bioinformática

Art & Science @ ISMB/ECCB 2009

José María Fernández González — Tue, 30 Jun 2009 12:48:00 GMT

No solo de pan vive el hombre, y no solo de ciencia vive el científico. Esta mañana, durante el descanso entre charlas, he aprovechado para ver la exposición Art & Science del ISBM/ECCB 2009. Para los que no hayais podido asistir, aquí os incluyo el enlace a la galería fotográfica (baja resolución) con las instantáneas que he tomado. Y para muestra, un par de ellas:

¡Que las disfruteis!

Enlace

La galería: http://weblogs.madrimasd.org/bioinformatica/gallery/1637.aspx

Microblogging en el ISMB/ECCB 2009

José María Fernández González — Mon, 29 Jun 2009 12:25:00 GMT

Tras escuchar durante el fin de semana algunas charlas muy interesantes (y otras no tanto) en los distintos SIG (Special Group Interest meetings) en los que me inscribí, y de asistir ayer por la tarde a la recepción oficial en el ayuntamiento de Estocolmo, hoy ha dado comienzo de forma oficial el ISMB/ECCB 2009.

Como en la pasada edición del ECCB, desde el primer momento se está promoviendo el uso de (micro)blogs para ir contando en tiempo real la evolución e interés de cada una de las charlas, teniendo en cuenta que hay momentos en los que hay 6 sesiones simultáneas. Si estais interesados en saber cómo evolucionan, la URL es:

http://friendfeed.com/ismbeccb2009

Esto, combinado con la disponibilidad de todos los proceedings al final de la página principal del ISMB/ECCB 2009 constituye una herramienta muy útil de conocer el trabajo puntero (o no tanto, según el caso) expuesto.

¡Saludos desde Estocolmo!

Comienza el ISMB/ECCB 2009 en Estocolmo

José María Fernández González — Sat, 27 Jun 2009 02:07:00 GMT

Pues como todos los eventos y reuniones llegan, ahora le toca el turno al ISMB/ECCB 2009. ISMB y ECCB son los dos congresos más importantes de bioinformática que se celebran a cada lado del "charco" (el Océano Atlántico), y de forma bianual ambos congresos se celebran de forma conjunta, tal como ocurre este año. Como ocurre en cada ocasión, los bioinformáticos, biólogos computacionales, quimico-informáticos, informáticos biomédicos, etc... hemos "invadido" la ciudad donde se celebra, y eso os lo puedo atestiguar tras ver en el aeropuerto de Arlanda cuántas personas pasaban con un porta-posters colgado del hombro mientras me comía un bocadillo. Además, como anécdota, en el vuelo que hemos venido hemos tenido la oportunidad de coincidir con la selección sub-{16,18} del equipo femenino español de baloncesto.

¿Cómo se afrontan los congresos de este estilo? Los momentos anteriores al viaje, con mucho estrés, preparando o afinando los resultados o sistemas que se presentan, preparando e imprimiendo posters, etc... Y como en la época de verano es cuando más congresos hay, es cuando más se usa el plotter, y cuando es más probable tropezarse con el problema de que estés imprimiendo a última hora el póster, y se te acabe el rollo de papel o la tinta justo cuando no es posible conseguir repuestos, que se estropee el hardware o el sistema operativo del ordenador del plotter, que se descoloquen los textos o las figuras por fallos a la hora de generar el PDF que te llevas para imprimir, etc...

¡Saludos desde Estocolmo!

Que tienen en común la ideología Open Source y la Ciencia

José María Fernández González — Sat, 13 Jun 2009 23:34:00 GMT

Eso es lo que se pregunta el autor del artículo What Open Source shares with Science aparecido el el viernes 12 de Junio en el blog "Kaotic Musings", hospedado en ZDNet. El artículo está en inglés y es bastante largo, comenzando con exponer que la ideología Open Source se asemeja en algunos puntos al estilo científico, indagando qué puede aportar el bien asentado método científico a la contrucción de software. Sinceramente, os lo recomiendo. Y aquí comienza mi pequeña aportación:

Desestimada la demanda judicial de EndNote contra Zotero

José María Fernández González — Sat, 06 Jun 2009 17:36:00 GMT

En Noviembre de 2008 publiqué en este blog la noticia sobre la demanda judicial interpuesta por Thomson Reuters, la empresa creadora de EndNote, contra los creadores de Zotero. Los creadores, el Centro para la Historia y Nuevos Medios de George Mason University, fueron demandados por un supuesto uso inapropiado del software EndNote, debido a que Zotero permite importar datos de EndNote. La demanda siguió su curso a lo largo de estos meses en la corte judicial del Estado de Virginia, y ayer (5 de Junio) salió publicada la noticia de que el juez encargado del caso ha desestimado la demanda contra Zotero. La noticia ha aparecido en el sitio web de The Chronicle of Higher Education, y ya se han hecho eco de ella sitios como Slashdot (a través del cuál me enteré de la misma).

NAR busca Editor Senior sucesor de Rich Roberts

José María Fernández González — Tue, 19 May 2009 20:49:00 GMT

Dicen que 20 años no son nada... Pues se lo pueden preguntar a Rich Roberts, uno de los editores senior de NAR (Nucleic Acid Research), que se retira a finales de este año. Durante estos 20 años Rich Roberts ha alcanzado hitos como la creación de los números especiales de NAR dedicados a bases de datos biológicas (que sale anualmente en Enero) y a servidores/servicios web (publicado cada año en Julio), o conseguir en 2005 la transición total del modelo de negocio de Nucleic Acid Research hacia el modelo Open Access, actualmente exigido para todas las investigaciones patrocinadas por el NIH americano (National Institutes of Health).

Más de 13000 personas ofrecen públicamente su genoma

José María Fernández González — Mon, 18 May 2009 20:08:00 GMT

Pues sí, hemos pasado de que la gente ofrezca el código fuente de sus librerías y programas, los ficheros originales de sus diseños, los documentos que ha escrito, etc... de forma pública a que la gente empiece a ofrecer públicamente su genoma. El proyecto Personal Genome Project (http://www.personalgenomes.org/ , referencia en la Wikipedia española) consiste en intentar que avance el campo de la genómica personalizada, directamente enlazado con la medicina personalizada.

¿Cómo quieren conseguir esto? Sencillamente, empezando por conseguir toda la información posible, y para ello están "reclutando" voluntarios que ofrezcan sus informes médicos y código genético de forma pública. El genoma de cada voluntario se secuenciará, proporcionando información muy valiosa sobre SNPs (Single Nucleotide Polimorfism) y CNVs (Copy Number Variations) en su conjunto.

Competición sobre la detección de plagios científicos

José María Fernández González — Sat, 16 May 2009 02:14:00 GMT

En el mundo de la ciencia hay competiciones de todo tipo, y ya he mencionado en este blog algunas de las existentes en bioinformática. Pero una que por suerte o por desgracia acaba de surgir es una competición relacionda con minería de textos científicos enfocada en la detección de plagios: SEPLN'09 Workshop PAN. Uncovering Plagiarism, Authorship and Social Software Misuse.

Los dos objetivos de esta competición son el análisis del plagio tanto externo como intrínseco:

El análisis del plagio externo toma como base un conjunto de documentos sospechosos y un conjunto de documentos originales, y consiste en identificar qué partes de los documentos originales han sido plagiadas en los documentos sospechosos.
El análisis del plagio intrínseco es más sutil (y a la vez, más difícil), porque toma como base sólamente un conjunto de documentos sospechosos, sin poder tomar información externa de otros documentos, y hay que identificar aquellos pasajes plagiados, por ejemplo detectando los cambios bruscos en el estilo literario.

Será interesante ver qué resultados, software y conclusiones surgen de esta competición.

Ahora sí, las Jornadas de Bioinformática del 2009

José María Fernández González — Wed, 29 Apr 2009 13:28:00 GMT

Hace unos meses se celebró el primer acto asociado a las Jornadas de Bioinformática 2009, que fue el Memorial Ángel Ortiz, y que anuncié de forma equivocada como las Jornadas. En realidad, las Jornadas de Bioinformática de este año se celebran del 3 al 6 de Noviembre en Lisboa, Portugal, en la Fundación Calouste Gulbenkian. Están organizadas de forma conjunta por las Redes Nacionales de Bioinformática de España y Portugal, y el principal objetivo de este año es estrechar los lazos de colaboración en Bioinformática entre ambos países.

Las fechas a tener en cuenta son las de último día para enviar un artículo (15 de Julio), notificación de aceptación de los artículos (12 de Septiembre) y último día para registrarse en las Jornadas (27 de Septiembre). A continuación el anuncio de las Jornadas recibido en la lista de correo de bioinformatibéricos:

Ensembl se "extiende" por el árbol taxonómico

José María Fernández González — Thu, 23 Apr 2009 16:13:00 GMT

Hace unos días mi amigo Javito me mandó desde el EBI el anuncio de la aparición de versiones especializadas de Ensembl en no vertebrados. Ensembl es el principal centro de integración de información genómica de organismos, y hasta hace relativamente poco estaba principalmente centrado en mamíferos. Desde entonces se ha ido generalizando a otros tipos de vertebrados (como el gallo) u organismos eucariotas (como C. Elegans o la mosca de la fruta), albergando a día de hoy información detallada de más de 50 organismos.

En esta nueva versión de Ensembl va a haber sitios extendidos especializados en no-vertebrados de las ramas taxonómicas de las bacterias (http://bacteria.ensembl.org/), protistas (http://protists.ensembl.org/) y metazoos (http://metazoa.ensembl.org/). Además, a lo largo del verano aparecerán sitios especializados para hongos y plantas. También la versión estándar de Ensembl sufre una mejora, a través de la web de Ensembl Genomes (http://www.ensemblgenomes.org/), cuya información estará coordinada con todas las webs de Ensembl, permitiendo análisis comparativos multigenómicos.

El anuncio original viene a continuación:

Curso Hands On del EBI, titulado A Walk Through the EBI's Data Resources

José María Fernández González — Mon, 06 Apr 2009 12:33:00 GMT

Todavía quedan plazas libres para uno de los típicos cursos Hands On del EBI, titulado A Walk Through the EBI's Data Resources, que se celebra del 11 al 14 de Mayo. Este curso. El plazo de inscripción finaliza el próximo 13 de Abril a las 12 del mediodía, y el coste del curso, incluyendo la estancia está entre las £270 y £400, en función de si estais dispuest@s a compartir habitación o no.

Parte del anuncio original del curso, a continuación:

Manifiesto "En contra de la utilización ideológica de los hechos cientificos"

José María Fernández González — Mon, 06 Apr 2009 12:21:00 GMT

Esta mañana mi compañero de trabajo y colega Iakes nos envió el enlace al manifiesto "En contra de la utilización ideológica de los hechos cientificos", alojado en nodo50.org. Este manifiesto, apoyado por al menos una quincena de científicos y catedráticos, ha surgido a raíz del polémico anteproyecto de ley de interrupción voluntaria del embarazo, e intenta denunciar en general el uso sesgado o partidista que se hace de los resultados de investigaciones científicas.

Más aplicaciones bioinformáticas en GSoC 2009

José María Fernández González — Mon, 30 Mar 2009 07:50:00 GMT

¿Os gusta la bioinformática y programar? ¿Estais interesados en la filoinformática (bioinformática aplicada a problemas de filogenia)? Si es así, y os va el tema del Google Summer Of Code, podeis optar por hacer alguno de los proyectos propuestos por el US National Evolutionary Synthesis Center (NESCent) y aceptados en GSoC 2009 para filoinformática.

Por ejemplo, por lo que he visto en la página de los proyectos, uno de ellos consistiría en intentar acelerar alguno de los algoritmos más usados en filogenia usando la GPU (el procesador de la tarjeta gráfica), programando todo en OpenCL , un lenguaje y API de programación enfocados a las GPUs, y que no es lo mismo que OpenGL.

¡Animaos, que teneis de plazo hasta el 3 de Abril para apuntaros! (y por cierto, hay formulario online)

Enlaces

Página de los proyectos de filoinformática para GSoC 2009.

"Los siete pecados capitales de la Bioinformática"

José María Fernández González — Fri, 27 Mar 2009 11:32:00 GMT

Así se titula la presentación de Carole Goble The Seven Deadly Sins of Bioinformatics, que está colgada en SlideShare, y donde se despacha a gusto, sin pelos en la lengua.

The Seven Deadly Sins of Bioinformatics

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Es una presentación que os recomiendo que os leais, ¡aunque pueda levantar ampollas!

aGEM, nueva herramienta bioinformática para el estudio de la expresión génica en ratón

José María Fernández González — Fri, 27 Mar 2009 08:57:00 GMT

Mis colegas del INB Natalia y Joan me pidieron que le echara un vistazo a su nuevo sistema. aGEM (anatomical Gene Expression Mapping) es una plataforma concebida para integrar información fenotípica con la distribución espacial y temporal de conjuntos de genes expresados en ratón.

Según sus autores, esta plataforma proporciona la información necesaria para responder a tres preguntas: