Bioinformática

Cuántas zancadillas a la Ciencia y al I+D+i

José María Fernández González — Tue, 17 Nov 2009 08:45:00 GMT

Me acabo de leer por encima la noticia "Moncloa le vacía el Ministerio a Garmendia y la llena de ‘papeletas’ para el sorteo del recorte de carteras", publicada ayer lunes 16 de Noviembre en 'Intelligence & Capital News report'. En esta noticia se exponen los distintos hechos que me llevan a pensar que es muy impopular el ministerio de Ciencia e Innovación en el gabinete de gobierno, dadas todas las zancadillas que le están poniendo casi desde su comienzo, y la cantidad de fondos y atribuciones que le han ido quitando. Y para colmo, sigue paralizado el borrador de la Ley de Ciencia y Tecnología, con visos de no haber ningún interés por llevar a votación la ley.

Durísimo editorial de Nature contra el recorte en Ciencia e I+D en España

José María Fernández González — Mon, 16 Nov 2009 05:50:00 GMT

Gracias al blog 'Por la investigación' me he enterado del editorial publicado el 12 de Noviembre por la revista Nature, titulado 'No turning back', y que empieza con la frase "España no debería usar la recesión como excusa para paralizar los planes de impulso de su actividad científica".

El editorial empieza por explicar brevemente los logros de España, que han hecho que haya ganado una gran relevancia mundial a nivel científico, principalmente debido al aumento de las inversiones en Ciencia a lo largo de los años, culminando con la creación de un Ministerio de Ciencia e Innovación Tecnológica. Luego llega al punto de los recortes en las inversiones para 2010, enumerando los distintos recortes que fueron evaluados (inicialmente, el recorte ¡iba a ser del 40%!). Continúa mencionando la Nueva Ley de Ciencia (aún en formato de proyecto), que se suponía que iba a cambiar el panorama científico español, aportándole dinamismo por facilitar las contrataciones y poder ofrecer sueldos competitivos en el ámbito de la investigación a nivel internacional.

La parte final del editorial critica la decisión de recortar la inversión en ciencia, tal vez basada en la idea errónea de que la transferencia de conocimiento seguirá suciediendo aún frenando el "motor" de la Ciencia Básica. Sobre todo queda patente lo opuesta que es a la tendencia general, al compararla con las decisiones de aumento de las inversiones tomada por países tan dispares como Alemania o Grecia.

Tal como concluye el editorial, España puede estar en su segunda Edad de Plata en la Investigación Científica, pero está adentrándose en su Edad de Bronce a la hora de las inversiones en I+D y Ciencia.

Rally por la Ciencia

José María Fernández González — Tue, 10 Nov 2009 12:20:00 GMT

La iniciativa "La Ciencia en España no necesita Tijeras" ha ido calando poco a poco en la sociedad, de tal manera que existe incluso un grupo en Facebook. Pues bien, en el seno de ese grupo en la famosa red social ha nacido la idea de organizar un Rally por la Ciencia, que:

... consiste en una jornada reivindicativa basada en el debate público acerca del estado del desarrollo científico español. Para ello queremos invitar tanto a oradores de prestigio como a cualquiera que tenga algo que decir al respecto. Se realizará en un lugar público de Madrid y estará complementado con talleres de divulgación científica para todos los públicos. La convocatoria nace tras la reacción de la sociedad civil ante los recortes presupuestarios de I+D para 2010.

Por lo que se lee en la entrada correspondiente del blog "Por la investigación", el comité de organización del rally están ahora buscando a oradores interesados en participar en tal acto. Además, han hecho un llamamiento a todos aquellos interesados en colaborar (periodistas y blogueros concienciados, personas de a pie, etc...), para que se integren todos los esfuerzos en dicho comité. El objetivo es conseguir organizar un acto multitudinario que llame la atención de que La Ciencia en España no Necesita Tijeras.

Terminaron las Jornadas de Bioinformática, con sorpresa

José María Fernández González — Fri, 06 Nov 2009 13:10:00 GMT

Hoy terminaron las JB'2009, celebradas en Lisboa en las instalaciones de la Fundación Calouste Gulbenkian. Estas jornadas han estado muy bien, pero se ha notado el bocado de la crisis por la menor asistencia de investigadores nacionales e internacionales relacionados con la bioinformática. Pero la sorpresa ha sido que justo después de la clausura de JB'2009, a las 16:00 ha comenzado una charla del a veces polémico James Watson, patrocinada por la Fundación Champalimaud, con tal éxito que ha llenado por completo 3 de los auditorios de la Fundación Gulbenkian. Muchos de los asistentes fotografiaron a Watson, los periodistas le entrevistaron antes de la conferencia, y entre tanto revuelo, parte de los organizadores de JB'2009 han tenido su oportunidad de saludar personalmente a Watson.

Muere el creador de PyMOL

José María Fernández González — Fri, 06 Nov 2009 11:35:00 GMT

Me he enterado por mi amiga Nayra que Warren Lyford DeLano, autor del famoso y útil programa PyMOL, murió el pasado 3 de Noviembre, en su casa.

Transcrito y traducido del obituario publicado en la lista de correo de CCP4, mientras DeLano estaba en Yale realizó incontables contribuciones a las herramientas y métodos de X-PLOR y CNS, desarrollados en el laboratorio de Axel Brunger. Destaca la función de rotación directa, que es la primera predicción de estructuras "helical coiled coil", las herramientas de programación y parseado que hicieron de CNS una herramienta universal de la cristalografía computacional.

Warren DeLano se unió más tarde al laboratorio del Dr. Jim Wells en USCF y Genentech, donde él obtuvo su doctorado en biofísica, descubriendo algunos de los principios que gobiernan las interacciones entre proteínas.

Actualización 2009-11-07
Warren DeLano nació el 21 de Junio de 1972, con lo cuál ha muerto a la temprana edad de 37 años. Los familiares de Warren DeLano ha puesto la siguiente página http://www.jmdelano.com/ (alternativa http://web.me.com/brendandelano/Warren_Lyford_DeLano/In_Memorium.html), para que la gente pueda poner sus comentarios y dejar sus condolencias.

Creación de la SOCIEDAD IBEROAMERICANA DE BIOINFORMATICA (SoIBio)

José María Fernández González — Thu, 05 Nov 2009 10:40:00 GMT

Mi amigo J.R. Valerve me ha pedido que incluya en el blog la noticia sobre la creación de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SoIBio).

En Mexico (Puerto Morelos, Quintana Roo) coincidiendo con la "International EMBnet-RIBio Conference 2009" (http://www.embnet.org/EMBnet-RIBio2009) se ha celebrado la asamblea constitutiva y fundadora, con registro notarial, de la nueva Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SoIBio) el pasado lunes 26 de octubre.

En esta asamblea han participado científicos e investigadores representantes de una gran mayoría de los países iberoamericanos implicados en este proyecto (que incluye 22 naciones americanas más España y Portugal). También han asistido representantes de otras sociedades y organizaciones internacionales de este área científica, como son la Red Europea de Biología Molecular (European Molecular Biology Network, EMBnet), la Red Asia-Pacífico de Bioinformática (Asian-Pacific Bioinformatics Network, APBioNet) y la Sociedad Inter-nacional de Biología Computacional (International Society for Computational Biology, ISCB). De modo particular, fué destacable la presencia de Chris Sander (MSKCC, NY, USA) investigador pionero en el mundo en el comienzo y desarrollo de la bioinformática en los años 80 (s.XX) que actualmente dirige el Computational Biology Center del Sloan-Kettering Institute en New York.

Vídeo de simulación sobre cómo se introduce un virus por la vía aérea

José María Fernández González — Tue, 27 Oct 2009 18:04:00 GMT

Hace un momento he encontrado el siguiente vídeo (en inglés), que describe cómo se propaga e introduce un virus por la vía aérea. Según la página original "Flu Attack! How A Virus Invades your Body", es un vídeo comercial que ha sido creado por David Bolinsky y su equipo de XVIVO para una compañía del campo de la investigación llamada Zirus.

Aunque el vídeo muestra el proceso completo, hay que tener en cuenta que se está mostrando la actividad celular a velocidad muuuuuy lenta. En la realidad todo este proceso sucede en una fracción de una fracción de segundo, sin que nos demos cuenta. ¡Que lo disfruteis!

La inversión en I+D de Nokia equivale a 4 veces el de las 21 principales empresas españolas juntas

José María Fernández González — Wed, 21 Oct 2009 17:23:00 GMT

Leyéndome la noticia "La investigación sanitaria sufre un recorte presupuestario del 16%" que ha salido hoy publicada en El País me ha llamado la atención una afirmación bastante realista de un portavoz de CC OO, que aparece casi al final de la noticia, en un cuadro grisáceo: la inversión en I+D+i de las empresas españolas es muy inferior al del resto de las empresas europeas. Para ello se ha basado en la siguiente comparativa: la primera firma europea en inversión en I+D, Nokia, destinó en 2007 más de 5000 millones de euros, lo cuál equivale a grosso modo a 4 veces la inversión conjunta en I+D de las 21 empresas españolas que en el mismo periodo estaban en listado de las 1000 empresas que más invierten en I+D+i en Europa.

Si son muy poquitas las empresas españolas que apuestan por el I+D+i, y encima se producen los recortes en las inversiones en Ciencia e I+D+i por parte del gobierno para el próximo año, ¿qué es lo que quedará como motor de cambio?

Nota de prensa del Manifiesto para el Avance de la Investigación

José María Fernández González — Tue, 20 Oct 2009 08:29:00 GMT

A continuación (en la versión completa de esta entrada) os incluyo el texto íntegro de la nota de prensa escrita por los coordinadores del Manifiesto para el Avance de la Investigación, que se encuentra, junto con los datos de las firmas recogidas, en el archivo http://dl.getdropbox.com/u/166085/documentos.zip. Los números dan mucho que pensar:

El Manifiesto para el Avance de la Ciencia ha reunido 2703 firmas

José María Fernández González — Mon, 19 Oct 2009 15:34:00 GMT

Hace un par de semanas se puso en circulación El Manifiesto para el Avance de la Ciencia en el mundo de la investigación en España, para reunir firmas de apoyo al mismo. Hoy a las 12:00 terminó el plazo de envío de las firmas recopiladas escaneadas, llegándose a contabilizar un total de 2703 firmas provenientes de más 180 centros de investigación de dentro y fuera de España (ver página Manifiesto).

Supongo que en breve veremos si los medios de comunicación se hacen eco de la noticia, y si influye ligeramente de alguna manera estas firmas de apoyo en los recortes de I+D+i que aparecen en los futuros Presupuestos Generales del Estado para 2010, cuya votación está prevista para los días 15 a 17 de Diciembre.

Yo firmé hará unos días, y tras escribir esta entrada tengo una pregunta, ¿cuántos de vosotros se acaba de enterar de que estaba circulando un manifiesto?

Vídeo "Cellular Visions: The Inner Life of a Cell"

José María Fernández González — Wed, 14 Oct 2009 08:36:00 GMT

Acabo de ver en la edición de Barcelona del Curso de Genómica Aplicada a la Medicina Computacional (financiado por el CIBERobn), en la charla que está impartiendo Paulino Gómez, el video "Cellular Visions: The Inner Life of a Cell", que es bastante didáctico. No recuerdo si en algún momento lo habré referenciado desde alguna entrada de este blog, pero os lo incluyo a continuación (puede tardar un poco en cargar, pero ¡no olvideis darle al play):

"La I+D y la fábula de Al Mendruco" y el descontento por las 'desinversiones' en Ciencia

José María Fernández González — Sat, 10 Oct 2009 18:56:00 GMT

Gracias a mi amigo Jordi me acabo de leer la noticia "La I+D y la fábula de Al Mendruco", publicada hoy en El País, donde Joan J. Guinovart recurre al formato de las fábulas para explicar lo que se está haciendo con la I+D en España comparado con otros países, utilizando como medida los 'microRonaldos' que cobra el currante de un departamento de I+D de la fábula, los invertidos por una hipotética empresa en ese departamento, y los invertidos por la competencia, pensando en el futuro. Además ayer apareció una entrevista a la ministra de Ciencia e Innovación, Cristina Garmendia, en la que declara no estar contenta con el presupuesto y reconociendo la bajada de las inversiones en I+D+i. Es una entrevista bastante extensa en la que se deja entrever el 'encaje de bolillos' que están teniendo que hacer en el Ministerio de Ciencia e Innovación tras los recortes presupuestarios propuestos por el Ministerio de Economía y Hacienda en los futuros Presupuestos Generales del Estado para el 2010.

Ya que se va a meter tremendo tajo a las inversiones en Ciencia y en I+D+i, espero que al menos se sepa gestionar de forma adecuada allí donde quede destinado (como por ejemplo la cría caballar en el Ejército, que pasa de 8 M€ a 20 M€ según el ahora inaccesible borrador de los Presupuestos Generales del Estado).

Enlaces

Uso de Google Trends para ver la evolución de la gripe

José María Fernández González — Thu, 08 Oct 2009 17:50:00 GMT

Hace 3 años y pico publiqué una entrada con el uso de Google Earth para ver la evolución y viaje de la entonces famosa gripe aviar. Pues bien, ahora le ha tocado el turno a la evolución de la gripe (ya sea la tradicional o la A) mediante el servicio Google Trends.

Estimaciones de Evolución de la gripe en Google Datos de Estados Unidos

Estimaciones de Evolución de la gripe en Google Datos de España

La herramienta Google Trends funciona de forma parecida a Google: introduces los términos de búsqueda,

Tendremos que leer noticias de broma, ya que se toman la ciencia a pitorreo

José María Fernández González — Wed, 07 Oct 2009 13:34:00 GMT

Tras echarle un vistazo a la noticia "Más créditos a las empresas, menos subvenciones a la ciencia" (en El País), creo que lo más sano a nivel mental en estos tiempos que corren es leerse alguna noticia de broma, como "Ciencia española 2020 (o La ciencia en España no necesita tijeras)" del blog mi mesa cojea, sobre todo después de ver que las discrepancias en las páginas en español y en inglés del Ministerio de Industria. Y yo sigo cavilando (desde mi desconocimiento), ¿no eran antes el Ministerio de Industria y el ICO (dependiente del Ministerio de Economía y Hacienda) los que principalmente subvencionaban a las empresas? Supongo que es una de esas atribuciones que están siendo asumidas por el ministerio de Ciencia e Innovación, pero quedándose los fondos los primeros. Y recuerdo un par de startups que conozco relacionadas con la industria farmacéutica, que empezaron gracias a los descubrimientos y resultados de las investigaciones hechas en Ciencia. Es como la pescadilla que se muerde la cola, pero rompiendo el ciclo: con los recortes en Ciencia disminuye el número de descubrimientos, avances o resultados comercializables (recordad que aquí en España la I+D+i empresarial es una muy rara avis); si no hay descubrimientos, avances o resultados que comercializar, con el tiempo no habrá startups (otra rara avis, por falta de inversores de capital riesgo).

La solución es obvia: mejorar la inversión en Ciencia, mejorar la inversión en I+D+i, mejorar las subvenciones, y subvencionar preferentemente a empresas con ideas que se las merezcan.

En cualquier caso, según la entrada de broma que antes reseñé, 'en 2016, un grupo de científicos del German Cancer Research Center descubren la vacuna contra el cáncer, pero el comunicado coincide con un Barça-Madrid y en España nadie se entera hasta pasados tres años'.

La Ciencia en España no necesita Tijeras

José María Fernández González — Wed, 07 Oct 2009 07:05:00 GMT

Mientras espero para entrar en la charla de las anotaciones de UniProt en el evento BioCreative II.5, empiezo a divagar sobre por qué la ciencia en España no necesita Tijeras desde mi visión limitada como bioinformático. Muchas técnicas punteras que generan un gran volumen de datos interesantes, como por ejemplo NGS (Next Generation Sequencing) o los Arrays de CGH están empezando a introducirse y utilizarse en los campos de la biología molecular, biotecnología, oncología, medicina computacional, etc...

Los aparatos para obtener la información pueden comprarse (son bastante caros, todo hay que decirlo), incluso los fungibles necesarios para hacerlos funcionar, pero no el conocimiento que permite sacarles partido. Un recorte de presupuestos supondrá que se harán menos análisis de estos tipos porque no habrá tantas máquinas por un lado, ni habrá suficiente personal preparado y cualificado capaz de digerir e interpretar todos los resultados de los experimentos que se realicen. Si no empezamos a tener ahora dicho personal preparado, por ejemplo no será posible desarrollar o afinar nuevas técnicas diagnósticas en el campo de la medicina para diversas enfermedades, se frenará el desarrollo de la medicina personalizada, o hará que muchos investigadores abandonen por muchos años la ciencia en España por falta de medios que hay en el resto de países que están a nuestro mismo nivel.