Bioinformática

Más artículos sobre el fraude a la hora de publicar

José María Fernández González — Sun, 06 Jul 2008 09:46:00 GMT

Hace un mes publiqué en este blog una entrada reference al fraude a la hora de publicar en el ámbito científico, haciendo eco de otras entradas que hablaban sobre este grave problema. Seguramente desde antes de esas fechas ha aumentado por todo el mundo científico la preocupación por estos fraudes, que minan la credibilidad en un trabajo generalmente metódico y bien hecho como el de la investigación científica. Por ello el pasado 19 de Junio salió publicado un comentario sobre un informe bastante extenso sobre el fraude científico en Estados Unidos en la revista Nature, abordando el problema. El informe está cimentado sobre una investigación a 2212 investigador@s científic@s, de los cuáles 201 daban señales de malas prácticas. En Estados Unidos existe la ORI (Office of Research Integrity, oficina para la integridad en la investigación científica), que se encarga de evaluar todos los informes sobre prácticas científicas sospechosas en centros de investigación que reciben financiación del DHHS (Department of Health and Human Services, departamento de servicios humanos y salud), pero está limitado a sólo esos casos. También intenta prevenir estas prácticas fraudulentas mediante la educación y medidas disuasorias.

MolecularMovies.org: un portal con animaciones de dinámica celular y molecular

José María Fernández González — Fri, 04 Jul 2008 10:21:00 GMT

En más de una ocasión lector@s de este blog me han solicitado enlaces a videos educativos o divulgativos relacionados con bioinformática y biología molecular. Sobre ésta última hay muchísimo material disponible (cada día más), y ejemplo de ello es el sitio MolecularMovies.org, que contiene tanto animaciones educativas como demostrativas. Estas animaciones pertenecen a diversos campos como síntesis orgánica, apoptosis, mototes moleculares (que suelen ser muy curiosos), etc... y son directamente descargables al ordenador (se encuentran codificadas en formato Quicktime, así que necesitareis el plugin de Apple o alguno compatible como mplayerplug-in, totem o VLC). Los videos se encuentran originalmente alojados en la página web de sus creadores, y suelen incluir una descripción de lo que se muestra con ellos, y a veces también enlaces a material adicional.

Como muestra os enseño uno de esos videos, en este caso sobre apoptosis:

Gracias a Gloria Fuentes he encontrado este sitio. Aquí teneis el enlace:

MolecularMovies.org.

Portabilidad entre el antiguo y nuevo formato de PDB

José María Fernández González — Thu, 03 Jul 2008 11:26:00 GMT

Hace unos meses escribí en una entrada de este blog sobre la transición que en ese momento se produjo del antiguo formato de PDB al nuevo, con las ventajas y los consiguientes problemas que ello iba a acarrear. Ayer Guillermo Montoya me contó que justo tenía problemas para abrir PDBs en el formato nuevo con el programa Curves (no sé la versión que está usando), y que sirve para calcular una serie de parámetros sobre un DNA irregular (que no sigue de forma exacta la distribución helicoidal) comparado con su disposición ideal. Ayer lo solucionamos usando ficheros del antiguo PDB (que obviamente estaban en formato antiguo), pero no es la mejor solución porque sólo vale para entradas que ya estaban del antiguo PDB.

Hoy Gloria Fuentes nos ha contado a Guillermo y a mí que hay un programa que permite convertir los PDBs en formato antiguo al nuevo formato, y viceversa. El programa se llama Remediator, está hecho el laboratorio de los Richardson en la Universidad de Duke, y está disponible tanto en Perl como en Python. La principal diferencia entre las dos variantes de Remediator es el uso embebido o externo del Chemical Component Library, usado para aplicar las traducciones necesarias.

Espero que os sirva de ayuda.

Encuesta para crear un boceto de las distintas posibles carreras de un@ bioinformátic@

José María Fernández González — Wed, 02 Jul 2008 08:39:00 GMT

Por el lado de Ana Rojas (¡que ya es cinturón negro de Jiu-Jitsu! y que le llegó a su vez por su amigo Andreu) me ha llegado el enlace a una entrada interesante del blog Bioinformatics Zen. En la entrada de ayer Creating a picture of different careers in bioinformatics aparece una encuesta para intentar crear un boceto de las distintas posibles carreras de un@ bioinformátic@. Esta entrada surgió a partir de los comentarios que suscitaron la publicación de The past and future of a career in bioinformatics el pasado 5 de Septiembre de 2007 en Bioinformatics Zen. Según la noticia, desde ayer 1 de Julio hasta el próximo 1 de Agosto no se hará público ningún resultado, y el formulario de la encuesta funcionará hasta el día 1 de Septiembre, momento en que su autor compilará todos los resultados para generar una nueva entrada de blog con los resultados de la misma, y algunas conclusiones.

Por si os interesa, voy a embeber la página de la encuesta en la versión completa de esta entrada, para que la podais rellenar.

Si hacen lo mismo, ¿por qué hay tantos?

José María Fernández González — Tue, 01 Jul 2008 10:33:00 GMT

Hace unos días, dejó Catalina en una hebra no relacionada la siguiente pregunta:

Como sabemos, existen diferentes programas para la visualizacion molecular tales como el RASMOL y el VMD. Me gustaría saber en qué se diferencian, ya que por lo que he leido son muy parecidos.

A nivel básico ambos programas se parecen, pero justo ahí divergen. Rasmol es una herramineta básica que apenas se mantiene hoy en día, pero que ha dejado su huella en el mundo de la bioinformática por haber estado en todas las plataformas, y por su sistema de scripts, que permite marcar/decorar secciones de las estructuras que estamos viendo, basándonos en sus propiedades. VMD es una herramienta principalmente usada en el área de dinámica molecular, que sigue estando muy mantenida (es capaz de aprovechar todos los procesadores/cores del sistema, e incluso la tarjeta gráfica). Además de soportar muchos más formatos de fichero que Rasmol (más de 60, por lo que he leído en su web), permite traducir entre ellos, viene con herramientas accesorias integradas (como un visor de alineamientos múltiples, por ejemplo) y que es capaz de interactuar con otras herramientas (como NAMD, a la hora de lanzar simulaciones he ir viendo resultados intermedios).

El autor de HMMer era creador de rutinas para videojuegos

José María Fernández González — Thu, 12 Jun 2008 13:55:00 GMT

Much@s de vosotr@s conocereis casos de personas que cambian radicalmente de trabajo o de estilo de vida. Gente que antes trabajaba para la empresa privada entra en el mundo de investigación (algun@s de mis compañer@s), gente del mundo de la investigación decide abandonarlo todo y se pone a viajar por todo el mundo (¿por dónde andarás, Josetxu?), etc.. En el número de este mes de la revista The Scientist aparece una entrevista a Sean Eddy, creador de HMMer.

Dentro de la entrevista me llamó la atención que era un adicto de un viejo videojuego llamado Empire, y que para él creó gran cantidad de rutinas para automatizar la mayor parte de las operaciones económicas y militares. Según él, casi todo lo aprendido al programar estas rutinas lo recicló para sus programas de alineamiento de secuencias y plegamiento de RNA.

Widgets, widgets ¡más widgets!

José María Fernández González — Mon, 09 Jun 2008 17:09:00 GMT

Recordando la frase de "Johnny 5" en la vieja película "Cortocirtuito 2" 'Datos, Datos, ¡Más Datos!' he creado el título de esta entrada. Los widgets son pequeños trozos de código que proporcionan funcionalidades sencillas, pero necesarias (calculadoras, información meteorológica, vuelos disponibles, etc...), integradas en algún tipo de entorno (escritorios, teléfonos móviles, navegadores, etc...). Por ejemplo ya hay un intento de estandarización de los widgets por parte de la W3C, Google tiene su propio sistema de gadgets para su iGoogle, Yahoo! provee su propio sistema de widgets (con programas para poder lanzarlos en diversas plataformas), el navegador Opera lleva bastante tiempo con esa tecnología, sistemas como Mac OS X (dashboard), Windows Vista (gadgets) o KDE4 (Plasma) los integran en el escritorio, y sistemas como Konfabulator o Superkaramba los popularizaron.

Uno de los primeros mensajes que subí a este blog fue el de ProteinGlimpse un widget hecho por un antiguo alumno, y ahora compañero de trabajo y amigo, Jaime Fernández. Pues bien, este widget como tal ha llegado a la versión 1.5, y pronto será usable en Linux gracias a las mejoras de KDE 4.1. Tanto él como yo y vari@s de mis compañer@s estamos involucrados en el desarrollo del sistema CARGO (enlace a la publicación), que intenta desarrollar el concepto de widget en el ámbito bioinformático.

Manuales sobre conceptos y programas bioinformáticos, con licencia CC

José María Fernández González — Sun, 08 Jun 2008 11:13:00 GMT

¿Cuántas veces os habeis encontrado con que quereis aprender sobre alguna nueva herramienta que todo el mundo usa, pero que no dominais en absoluto? ¿O tal vez se os resbala un poco una técnica o concepto? Gracias a David G. Pisano (que lo ha encontrado), aquí teneis el enlace al sitio de CLC bio dedicado a Bioinformática. En este sitio podeis encontrar bastantes documentos en PDF escritos en inglés sobre temas como las bases de datos biológicas, comparativas de Blast contra Smith & Waterman, predicción de la estructura de RNA, detección de sitios de restricción, etc... Toda esta documentación está licenciada bajo Creative Commons - NonCommercial - NonDerivs 2.5, de forma que todo el contenido lo podeis copiar, distribuir y usar de forma libre siempre que sea para uso educativo, y se mencione al propietario (en este caso, CLC Bio).

La lástima es que esta licencia no permita traducir los contenidos a otros idiomas, porque sería un material muy útil para la comunidad hispanoparlante que no domina el inglés.

Grabaciones de audio de conferencias en la Fundación Juan March

José María Fernández González — Wed, 04 Jun 2008 10:40:00 GMT

Acabo de enterarme por mi compañero de trabajo Ildefonso Cases que la Fundación Juan March acaba de hacer públicas a través de su página web las grabaciones de audio de todas las conferencias y charlas que desde 1975 se han celebrado allí.

Por lo que Ildefonso nos ha contado por correo a mí y al resto de mis compañeros, las grabaciones abarcan toda clase de campos, desde Arte hasta Psicoanálisis, incluyendo un número de charlas sobre Biología Molecular. Por lo que ha encontrado Ildefonso, casi todos los personajes contemporáneos relevantes en la ciencia española han dado una ponencia en la Fundación Juan March en el rango de tiempo de las grabaciones: Severo Ochoa ^(g), Margarita Salas ^(g), Alberto Sols ^(g), Juan Oró (¡hablando sobre vida en Marte en 1975!), Miguel Beato ^(g), Manuel Perucho ^(g), Antonio García-Bellido ^(g), Mariano Barbacid ^(g), etc...

También hay registradas ponencias de afamados Premios Nobel, como Max Perutz, César Milstein, Sydney Brenner, Walter Gilbert, Aaron Klug, H. Gobind Khorana, John E. Walker, Paul Berg, etc...

La fuente que tomó Ildefonso para enterarse de esto es la noticia publicada hoy en El País, titulada "Recuperar la voz del saber".

Verificación de Referencias Bibliográficas: ¿torres defectuosas del conocimiento?

José María Fernández González — Wed, 04 Jun 2008 08:46:00 GMT

Hace un par de días mi compañero de trabajo Martin Krallinger encontró el artículo que da título a esta entrada de blog: "The Ombudsam: Verification of Citations: Fawlty Towers of Knowledge?". En él sus autores exponen que una de las taras sobre el crecimiento del conocimiento científico es la prevalencia de referencias bibliográficas mal asignadas o erróneas. Por ejemplo, si un artículo es publicado con insuficientes referencias bibliográficas, será más difícil encontrar los trabajos anteriores relacionados. O también, el hecho de que parte de las referencias bibliográficas estén mal establecidas (mal escritas, son incorrectas o inadecuadas,...) puede hacer que otr@s investigador@s usuarios de programas automatizados de recuperación de información (por ejemplo, técnicas de text mining) obtengan resultados sesgados, incorrectos o incompletos.

Como no tengo acceso al artículo como tal (sólo está accesible su introducción), no puedo formarme una opinión mejor sobre el estudio, y cuál es el soporte estadístico para las afirmaciones que aparecen en la introducción. Un artículo también relacionado con las referencias bibliográficas fue comentado hace un par de años en el blog Cuaderno de Bitácora Estelar, en ese caso relacionando la popularidad de los artículos, medida en función del número de veces que se citan, con su mención o referencia en prensa.

Cuando dependes de un programa antiguo (III): ¿y si el compilador no se entera, y te pone zancadillas?

José María Fernández González — Tue, 03 Jun 2008 17:19:00 GMT

Como podeis leer en un post anterior sobre cómo hacer funcionar Phrap, me encontré con el caso curioso de que, en una misma máquina de arquitectura IA64, los programas de Phrap compilados con GCC fallaban con Segmentation Fault, mientras que esos mismos programas compilados con el compilador de pago Intel funcionaban. Pues bien, tras estar investigando cómo hacer funcionar Phrap de forma nativa en las arquitecturas de 64 bits (x86-64 e IA64) compilándolo con GCC, me encontré con el meollo del problema: un fallo muy específico al hacer una conversión de tipos en el generador de código ensamblador del GCC.

Los programas más antiguos en C usados en bioinformática están escritos en el dialecto C de Kerningan & Ritchie, que es muy limitado en cuanto a lo que se podía hacer: las funciones devolvían a lo sumo un entero, no soportaba declaración de propotipos de función (con lo cuál no había validación de parámetros), los includes, ni macros (no había preprocesador) ... El código fuente de Phrap está escrito así, pero se nota que ha sido retocado ligeramente a posteriori, porque tiene algunos includes.

Fraude a la hora de publicar: demasiada gente "retoca" los resultados

José María Fernández González — Mon, 02 Jun 2008 14:27:00 GMT

Hoy gracias a un mensaje de mi compañero de trabajo Jan-Jaap me he encontrado con la siguiente noticia publicada el 29 de Mayo en boingboing y en The Chronicle of Higher Education: los editores y referees de las revistas se están encontrando cada vez más casos de retoque fotográfico de los supuestos resultados experimentales obtenidos por autores de manuscritos candidatos a ser publicados.

Es tal el nivel de fraude, que algunas revistas como las del grupo Nature Publishing se están planteando migrar de su modelo actual de detección del fraude mediante revisión aleatoria de un par de artículos por mes a otro más sofisticado. Este nuevo modelo usaría software que detectaría a nivel de imagen los "artefactos" que introducen los programas de retocado como Photoshop o GIMP.

Os recomiendo que os leais las noticias originales, porque no tienen desperdicio...

Enlaces:

Cuando dependes de un programa antiguo (II): Phrap

José María Fernández González — Fri, 30 May 2008 15:51:00 GMT

Phrap es uno de esos programas bioinformáticos muuuuy usado a la hora de ensamblar todos los contigs _{(¡que no hay que confundir con los EST contigs!)} obtenidos de secuenciadores que usan técnicas similares a la de shotgun. Este programa es gratuito para uso académico (previa solicitud a los autores), y está disponible tanto en código fuente como en módulos precompilados. El problema al instalar Phrap viene de que fue diseñado y escrito en entornos de 32 bits, con compiladores de 32 bits, en lenguaje C de Kerningan & Ritchie, y no compila muy bien que digamos en entornos de 64 bits con los compiladores actuales. El otro inconveniente es que no incluye un conjunto de datos de prueba, para ver si realmente funciona o falla.

Cuando dependes de un programa antiguo

José María Fernández González — Wed, 21 May 2008 15:54:00 GMT

Si trabajas en bioinformática, la mayor parte del tiempo estás dependiendo de programas que no has hecho para tu trabajo cotidiano. En ocasiones (más de lo habitual) es necesario usar programas que son antiguos o muy antiguos, y que no consigues que funcionen en los primeros intentos. Eso es lo que nos ha estado pasando hoy en el laboratorio, intentado hacer funcionar los programas del paquete Tops.

El programa Tops sirve para estudiar la topología de las proteínas, representándolas de forma esquemática. El primer artículo que menciona este paquete data de 1998, y sus autor@s originales ya hace tiempo que dejaron de mantener los programas. Esto es muy común en un mundo muy dinámico como el de la investigación científica, en el que las instrucciones o el código fuente de los programas más antiguos termina por perderse (si es que alguna vez se hizo público), y en el que los servicios bioinformáticos disponibles por web (tengan o no tengan éxito) terminan por dejar de funcionar. Esto ocurre por diversas causas, como no querer seguir manteniendo el software, no conseguir recursos para mantenerlo, se pierde tras una catástrofe como un incendio o una inundación, etc...

En esta ocasión tuvimos suerte, lo conseguimos hacer funcionar, pero ¿y la siguiente?

Workshop en Barcelona "Getting the most from biomolecular simulations: a practical workshop"

José María Fernández González — Thu, 15 May 2008 09:23:00 GMT

Siguen llegando mensajes sobre reuniones, conferencias y cursos de verano, y como siempre hay que plantearse ahora la decisión de asistir a dos meses vista, por el tema de las fechas límite de inscripción. En este caso le llegó a mi compañero de trabajo David G. Pisano, y se trata de una variante de las Barcelona Biomed Conferences, en formato de workshop, titulado Getting the most from biomolecular simulations: a practical workshop. Se va a celebrar en Barcelona, del 10 al 11 de Julio de 2008, va a seguir una pauta mixta de charlas + sesiones prácticas, y va a estar enfocado en la exploración del estado del arte en el campo de las simulaciones biomoleculares (algoritmos, corrección de errores acumulados, parámetros de simulación, etc...).

Para más información es conveniente consultar el programa científico del workshop. El 23 de Mayo es la fecha límite para poder preinscribirse en este workshop, y debido al número limitado de plazas disponibles (sólo 36), el 30 de Mayo se confirmará la inscripción a aquell@s de vosotr@s que os hayais preinscrito y seais admitid@s. Así que si estais interesad@s es aconsejable que os preinscribais ya. A continuación os incluyo el mensaje original, donde aparecen datos adicionales: