Hoy terminaron las JB'2009, celebradas en Lisboa en las instalaciones de la Fundación Calouste Gulbenkian. Estas jornadas han estado muy bien, pero se ha notado el bocado de la crisis por la menor asistencia de investigadores nacionales e internacionales relacionados con la bioinformática. Pero la sorpresa ha sido que justo después de la clausura de JB'2009, a las 16:00 ha comenzado una charla del a veces polémico James Watson, patrocinada por la Fundación Champalimaud, con tal éxito que ha llenado por completo 3 de los auditorios de la Fundación Gulbenkian. Muchos de los asistentes fotografiaron a Watson, los periodistas le entrevistaron antes de la conferencia, y entre tanto revuelo, parte de los organizadores de JB'2009 han tenido su oportunidad de saludar personalmente a Watson.

Me he enterado por mi amiga Nayra que Warren Lyford DeLano, autor del famoso y útil programa PyMOL, murió el pasado 3 de Noviembre, en su casa.

Mi amigo J.R. Valerve me ha pedido que incluya en el blog la noticia sobre la creación de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SoIBio).

En Mexico (Puerto Morelos, Quintana Roo) coincidiendo con la "International EMBnet-RIBio Conference 2009" (http://www.embnet.org/EMBnet-RIBio2009) se ha celebrado la asamblea constitutiva y fundadora, con registro notarial, de la nueva Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SoIBio) el pasado lunes 26 de octubre.

En esta asamblea han participado científicos e investigadores representantes de una gran mayoría de los países iberoamericanos implicados en este proyecto (que incluye 22 naciones americanas más España y Portugal). También han asistido representantes de otras sociedades y organizaciones internacionales de este área científica, como son la Red Europea de Biología Molecular (European Molecular Biology Network, EMBnet), la Red Asia-Pacífico de Bioinformática (Asian-Pacific Bioinformatics Network, APBioNet) y la Sociedad Inter-nacional de Biología Computacional (International Society for Computational Biology, ISCB). De modo particular, fué destacable la presencia de Chris Sander (MSKCC, NY, USA) investigador pionero en el mundo en el comienzo y desarrollo de la bioinformática en los años 80 (s.XX) que actualmente dirige el Computational Biology Center del Sloan-Kettering Institute en New York.

La nueva Sociedad queda abierta a la incorporación de cientificos y profesionales de todo el mundo que trabajen en la región iberoamericana o tengan interés en el desarollo de la bioinformática en dicha región. La asamblea constitutiva eligió como Presidente el Dr. Julio Collado-Vides del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM (México) y como Vicepresidente el Dr. Javier De las Rivas del Centro Investigación del Cáncer (CiC-IBMCC, CSIC/USAL) de Salamanca (España). Además como Secretaria fué elegida la Dra. Marta Bunster de la Universidad de Concepción (Chile) y como Tesorero el Dr. Edgar E. Vallejo del Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (México).

Esta Sociedad deriva del trabajo y cooperación iniciado con la Red Iberoamericana de Bioinformática (RIBio) que ha reunido a investigadores iberoamericanos en encuentros científicos y cursos avanzados a lo largo del último quinquenio.

La SoIBio buscará difundir e impulsar el conocimiento de la bioinformática en la region iberoamericana con énfasis en divulgación, organización de talleres y cursos avanzados coordinados, asi como una reunión científico-técnica annual. También, la nueva Sociedad se plantea como apoyo y enlace con las sociedades nacionales que trabajan en bioinformática en cada país de la región; asi como medio para una mejor interacción con otras sociedades internacionales (como las ya citadas EMBnet, APBioNet y ISCB). La SoIBio trabajará en los próximos meses para la difusión en los distintos países de esta iniciativa, invitando a una amplia participación e incorporación como miembros tanto de investigadores como de profesionales interesados en la investigación, docencia y promoción de esta multi-disciplina imprescindible en el análisis y entendimiento de las ciencias genómicas, biológicas y biomédicas actuales.

Hace un momento he encontrado el siguiente vídeo (en inglés), que describe cómo se propaga e introduce un virus por la vía aérea. Según la página original "Flu Attack! How A Virus Invades your Body", es un vídeo comercial que ha sido creado por David Bolinsky y su equipo de XVIVO  para una compañía del campo de la investigación llamada Zirus.Aunque el vídeo muestra el proceso completo, hay que tener en cuenta que se está mostrando la actividad celular a velocidad muuuuuy lenta. En la realidad todo este proceso sucede en una fracción de una fracción de segundo, sin que nos demos cuenta. ¡Que lo disfruteis!

Leyéndome la noticia "La investigación sanitaria sufre un recorte presupuestario del 16%" que ha salido hoy publicada en El País me ha llamado la atención una afirmación bastante realista de un portavoz de CC OO, que aparece casi al final de la noticia, en un cuadro grisáceo: la inversión en I+D+i de las empresas españolas es muy inferior al del resto de las empresas europeas. Para ello se ha basado en la siguiente comparativa: la primera firma europea en inversión en I+D, Nokia, destinó en 2007 más de 5000 millones de euros, lo cuál equivale a grosso modo a 4 veces la inversión conjunta en I+D de las 21 empresas españolas que en el mismo periodo estaban en listado de las 1000 empresas que más invierten en I+D+i en Europa.

Si son muy poquitas las empresas españolas que apuestan por el I+D+i, y encima se producen los recortes en las inversiones en Ciencia e I+D+i por parte del gobierno para el próximo año, ¿qué es lo que quedará como motor de cambio?

A continuación (en la versión completa de esta entrada) os incluyo el texto íntegro de la nota de prensa escrita por los coordinadores del Manifiesto para el Avance de la Investigación, que se encuentra, junto con los datos de las firmas recogidas, en el archivo http://dl.getdropbox.com/u/166085/documentos.zip. Los números dan mucho que pensar:

Hace un par de semanas se puso en circulación El Manifiesto para el Avance de la Ciencia en el mundo de la investigación en España, para reunir firmas de apoyo al mismo. Hoy a las 12:00 terminó el plazo de envío de las firmas recopiladas escaneadas, llegándose a contabilizar un total de 2703 firmas provenientes de más 180 centros de investigación de dentro y fuera de España (ver página Manifiesto).

Supongo que en breve veremos si los medios de comunicación se hacen eco de la noticia, y si influye ligeramente de alguna manera estas firmas de apoyo en los recortes de I+D+i que aparecen en los futuros Presupuestos Generales del Estado para 2010, cuya votación está prevista para los días 15 a 17 de Diciembre.

Yo firmé hará unos días, y tras escribir esta entrada tengo una pregunta, ¿cuántos de vosotros se acaba de enterar de que estaba circulando un manifiesto?

Acabo de ver en la edición de Barcelona del Curso de Genómica Aplicada a la Medicina Computacional (financiado por el CIBERobn), en la charla que está impartiendo Paulino Gómez, el video "Cellular Visions: The Inner Life of a Cell", que es bastante didáctico. No recuerdo si en algún momento lo habré referenciado desde alguna entrada de este blog, pero os lo incluyo a continuación (puede tardar un poco en cargar, pero ¡no olvideis darle al play):

Gracias a mi amigo Jordi me acabo de leer la noticia "La I+D y la fábula de Al Mendruco", publicada hoy en El País, donde Joan J. Guinovart recurre al formato de las fábulas para explicar lo que se está haciendo con la I+D en España comparado con otros países, utilizando como medida los 'microRonaldos' que cobra el currante de un departamento de I+D de la fábula, los invertidos por una hipotética empresa en ese departamento, y los invertidos por la competencia, pensando en el futuro. Además ayer apareció una entrevista a la ministra de Ciencia e Innovación, Cristina Garmendia, en la que declara no estar contenta con el presupuesto y reconociendo la bajada de las inversiones en I+D+i. Es una entrevista bastante extensa en la que se deja entrever el 'encaje de bolillos' que están teniendo que hacer en el Ministerio de Ciencia e Innovación tras los recortes presupuestarios propuestos por el Ministerio de Economía y Hacienda en los futuros Presupuestos Generales del Estado para el 2010.

Ya que se va a meter tremendo tajo a las inversiones en Ciencia y en I+D+i, espero que al menos se sepa gestionar de forma adecuada allí donde quede destinado (como por ejemplo la cría caballar en el Ejército, que pasa de 8 M€ a 20 M€ según el ahora inaccesible borrador de los Presupuestos Generales del Estado).

Enlaces

• "La I+D y la fábula de Al Mendruco"
• "No estoy contenta con el presupuesto"
  

Hace 3 años y pico publiqué una entrada con el uso de Google Earth para ver la evolución y viaje de la entonces famosa gripe aviar. Pues bien, ahora le ha tocado el turno a la evolución de la gripe (ya sea la tradicional o la A) mediante el servicio Google Trends.

La herramienta Google Trends funciona de forma parecida a Google: introduces los términos de búsqueda,

La herramienta Google Trends funciona de forma parecida a Google: introduces los términos de búsqueda, y devuelve los resultados. La diferencia estriva en que devuelve información sobre tendencias de los términos buscados, o lo que es lo mismo, ver su popularidad a lo largo del tiempo. ¿Y cómo se hace esto? Google recopila información anónima sobre los términos que buscan cada un@ de sus usuari@s, registrando en qué momento se realizó cada búsqueda con esos términos. Luego es cuestión de generar estadísticas de uso para extraer tendencias de esos términos, y poder incluso en el mejor de los casos extrapolar su comportamiento futuro si hay suficiente información registrada.

Esto no dejaría de ser anecdótico si no fuera porque los especialistas de Google afirman que hay una fuerte correlación entre la evolución de los casos de gripe y determinados términos que se usan para realizar búsquedas, de forma que las extrapolaciones de las tendencias inferidas sobre esos términos se pueden usar como indicadores de si un año va a ser más o menos virulenta la gripe. Como las tendencias de la gripe dependen de cada área geográfica han contrastado sus resultados con la información proveniente de los distintos gobiernos y ministerios de sanidad. Google proporciona (y registra) búsquedas personalizadas por países, en esta sociedad de la información en la que buscamos casi en tiempo real en la red lo que nos interesa o preocupa, encontrándonos con un beneficio derivado de la información de esas búsquedas (en este caso la tendencia de la gripe). Toda la información usada proveniente de Google Trends está disponible para descarga en forma de tablas, para que cualquiera pueda jugar con los datos.

¿Es esta herramienta lo suficientemente universal para ver las tendencias de la gripe en todos los países del planeta? No, porque depende mucho de la implantación de internet y de quién tiene acceso. En cualquier caso, las posibilidades son casi ilimitadas.

Enlaces

• Noticia en el diario El Mundo, titulada "Llega a España la herramienta de Google para ver la evolución de la gripe en tiempo real".
• La gripe en España según FluTrends.
  
• Enlace a FluTrends de Google, en Español.
• Enlace a FluTrends de Google, en Inglés.
• Enlace a Google Trends.
  

Tras echarle un vistazo a la noticia "Más créditos a las empresas, menos subvenciones a la ciencia" (en El País), creo que lo más sano a nivel mental en estos tiempos que corren es leerse alguna noticia de broma, como "Ciencia española 2020 (o La ciencia en España no necesita tijeras)" del blog mi mesa cojea, sobre todo después de ver que las discrepancias en las páginas en español y en inglés del Ministerio de Industria. Y yo sigo cavilando (desde mi desconocimiento), ¿no eran antes el Ministerio de Industria y el ICO (dependiente del Ministerio de Economía y Hacienda) los que principalmente subvencionaban a las empresas? Supongo que es una de esas atribuciones que están siendo asumidas por el ministerio de Ciencia e Innovación, pero quedándose los fondos los primeros. Y recuerdo un par de startups que conozco relacionadas con la industria farmacéutica, que empezaron gracias a los descubrimientos y resultados de las investigaciones hechas en Ciencia. Es como la pescadilla que se muerde la cola, pero rompiendo el ciclo: con los recortes en Ciencia disminuye el número de descubrimientos, avances o resultados comercializables (recordad que aquí en España la I+D+i empresarial es una muy rara avis); si no hay descubrimientos, avances o resultados que comercializar, con el tiempo no habrá startups (otra rara avis, por falta de inversores de capital riesgo).

La solución es obvia: mejorar la inversión en Ciencia, mejorar la inversión en I+D+i, mejorar las subvenciones, y subvencionar preferentemente a empresas con ideas que se las merezcan.

En cualquier caso, según la entrada de broma que antes reseñé, 'en 2016, un grupo de científicos del German Cancer Research Center descubren la vacuna contra el cáncer, pero el comunicado coincide con un Barça-Madrid y en España nadie se entera hasta pasados tres años'.

Mientras espero para entrar en la charla de las anotaciones de UniProt en el evento BioCreative II.5, empiezo a divagar sobre por qué la ciencia en España no necesita Tijeras desde mi visión limitada como bioinformático. Muchas técnicas punteras que generan un gran volumen de datos interesantes, como por ejemplo NGS (Next Generation Sequencing) o los Arrays de CGH están empezando a introducirse y utilizarse en los campos de la biología molecular, biotecnología, oncología, medicina computacional, etc...

Los aparatos para obtener la información pueden comprarse (son bastante caros, todo hay que decirlo), incluso los fungibles necesarios para hacerlos funcionar, pero no el conocimiento que permite sacarles partido. Un recorte de presupuestos supondrá que se harán menos análisis de estos tipos porque no habrá tantas máquinas por un lado, ni habrá suficiente personal preparado y cualificado capaz de digerir e interpretar todos los resultados de los experimentos que se realicen. Si no empezamos a tener ahora dicho personal preparado, por ejemplo no será posible desarrollar o afinar nuevas técnicas diagnósticas en el campo de la medicina para diversas enfermedades, se frenará el desarrollo de la medicina personalizada, o hará que muchos investigadores abandonen por muchos años la ciencia en España por falta de medios que hay en el resto de países que están a nuestro mismo nivel.

Hoy ha salido publicado en El País la noticia "Los investigadores contratados o becados en 2010 crecerán un 13%, según Garmendia", en la cuál la ministra de Ciencia e Innovación, Cristina Garmedia, afirma que el número de investigadores y tecnólogos becados o contratados crecerá un 13% en 2010, manteniéndose todas las convocatorias del Plan Nacional de I+D+i e Ingenio 2010. Esto se conseguirá de forma extraordinaria a expensas de los remanentes de los organismos públicos de investigación (OPIS) y recursos del propio ministerio, para suplir el recorte presupuestario que van a sufrir el ministerio y los OPIS.



Según palabras textuales de Cristina Garmendia, incluídas en el artículo, "Les pedimos exactamente el mismo esfuerzo de austeridad (que va a hacer el Ministerio de Ciencia e Innovación): que recorten en proyectos no prioritarios y establezcan la máxima contención de gastos, siempre que se garantice la plena operatividad de los proyectos científicos" ¿Eso qué significa? Que aunque se cumplan las afirmaciones de la ministra de Ciencia e Innovación, estaremos hipotecando como país nuestro futuro científico y de innovación, porque estamos 'quemando' las reservas, y no parece que al año siguiente se vaya a realizar una fuerte inversión en I+D+i.



Ya veremos lo que nos depara el futuro.

Enlaces

• Noticia "Los investigadores contratados o becados en 2010 crecerán un 13%, según Garmendia"
• Noticia "La Ley de Economía Sostenible deja en el aire la de Ciencia"
• Noticia "Dinamita y muerte de la ciencia en España"
  

Acabo de leer en el blog de Sistemas Inteligentes la entrada relacionada con la iniciativa "La Ciencia en España no necesita Tijeras" (enlace a la entrada original). La iniciativa es sencilla pero efectiva: el próximo miércoles, día 07 de Octubre, todo aquel que tenga un blog y crea que la Ciencia en España no está para recortes presupuestarios, deje un Post con una razón en contra del tijeretazo a la Ciencia en España...
¿Participareis? Yo sí.

Ayer me llegó la siguiente consulta de Alaitz a través del sistema de contacto de los blogs de madri+d:

He caído en tu blog buscando info de foros de bioinformática.
Me preguntaba las salidas reales de este sector...ya que siempre me ha interesado y estaba buscando cursos/masters...no sé cual es tu ocupación, pero me gustaría conocer tu opinión en la medida de lo posible.. Estoy valorando irme fuera de España (y si cabe de Europa) a realizar la tesis en alguna disciplina relacionada con la Biomedicina/Bioquímica/Biología Molecular, ya que abandoné la beca que tenía, por motivos varios, después de concluir el DEA este pasado mes de Julio. Sin embargo oigo decir que al contrario de beneficiar, la estancia en el extranjero, puede no ser muy bien vista a la hora de querer volver a España...

Me preguntaba si me podrias aconsejar algun sitio donde informarme o por donde empezar conla Bioinformatica en España o en el extranjero?

Gracias de antemano,
Saludos,
Alaitz

La pregunta que has hecho, Alaitz, es la que tod@s en algún momento nos hemos planteado. ¿Seguimos nuestra vocación? ¿Dónde lo hacemos? ¿Qué pasos es mejor seguir?

Por lo que sé, el DEA se creó para proporcionar movilidad a nivel nacional, pero no sé si lo podrías convalidar en el extranjero (incluso en España es complicado convalidar cursos de Doctorado), con lo que tendrías que hacer el equivalente del DEA de nuevo. Un colega mío (sí Bruno, me refiero a ti) terminó la tesis en el Reino Unido, y volvió a España, y no es el único caso. Tal como está el panorama de inversiones en I+D(+i?) en España puede no ser fácil volver, con lo que después de hacer la tesis puedes aprovechar para hacer la estancia postdoctoral y de camino aumentar tu curriculum.

Seguro que vosotr@s le podeis dar mejores consejos que yo, así que ¡animaos!